1.Διευθυντής του Μουσείου προσλαμβάνεται με σύμβαση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου, με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου που εγκρίνεται από τον Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού κατά παρέκκλιση κάθε σχετικής διάταξης, πλην της διαδικασίας της Π.Υ.Σ 33/2006.
2.Ο Διευθυντής του Μουσείου:
α. Προΐσταται όλων των Υπηρεσιών του Μουσείου, εποπτεύει και συντονίζει τη λειτουργία τους, εκτελεί τις αποφάσεις του Δ.Σ, εγκρίνει τις λειτουργικές δαπάνες στο πλαίσιο του εγκεκριμένου από το Δ.Σ. ετήσιου προϋπολογισμού και ασκεί κάθε επιπλέον αρμοδιότητα που του εκχωρεί το Δ.Σ.
β. Σχεδιάζει το σύνολο του επιστημονικού και καλλιτεχνικού προγραμματισμού, σύμφωνα με τους σκοπούς και την πολιτιστική πολιτική του Μουσείου και, κατόπιν της έγκρισής του από το Δ.Σ, μεριμνά για την υλοποίησή του.
γ. Προτείνει στο Δ.Σ. τον ετήσιο προϋπολογισμό του Μουσείου και υποβάλλει προς έγκριση κάθε έτος απολογισμό του έργου του στο Δ.Σ. του Μουσείου.