1. Το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) του Μουσείου αποτελείται από επτά μέλη. Mε απόφαση του Υπουργού Πολιτισμού και Αθλητισμού που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως διορίζεται ο Πρόεδρος και ο αναπληρωτής του καθώς και τα λοιπά μέλη του Δ.Σ με ισάριθμα αναπληρωματικά, τρία εκ των οποίων υποδεικνύονται, από το «Ίδρυμα Παύλου και Αλεξάνδρας Κανελλοπούλου».
2. Τα μέλη που ορίζονται από τον Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού είναι αρχαιολόγοι ή μουσειολόγοι ή αρχιτέκτονες – μηχανικοί ή μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Για τον ορισμό των μελών του Διοικητικού Συμβουλίου, που υποδεικνύονται από το «Ίδρυμα Παύλου και Αλεξάνδρας Κανελλοπούλου», ο Υπουργός Πολιτισμού & Αθλητισμού αποστέλλει στο Ίδρυμα σχετική πρόσκληση. Αν τα πρόσωπα αυτά δεν υποδειχθούν εντός μηνός, ο Υπουργός Πολιτισμού τα ορίζει κατά την κρίση του.
3. Η θητεία των μελών του Δ.Σ. είναι τετραετής και παρατείνεται μέχρι τον ορισμό και τη συγκρότηση του νέου Διοικητικού Συμβουλίου.
4. Το Δ.Σ. συγκροτείται σε Σώμα εντός δεκαπέντε ημερών από τον ορισμό του και εκλέγει μεταξύ των μελών του Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο, τον Γενικό Γραμματέα και τον Ταμία. Το Δ.Σ. συνεδριάζει νόμιμα εφόσον παρίστανται τέσσερα από τα μέλη του, οι δε αποφάσεις λαμβάνονται με την απόλυτη πλειοψηφία των παρόντων. Σε περίπτωση ισοψηφίας υπερισχύει η ψήφος του Προέδρου.
5. Το Δ.Σ. συγκαλείται με πρόσκληση του Προέδρου και συνεδριάζει στην έδρα του Μουσείου ή σε άλλον τόπο τακτικά, κάθε τρίμηνο, και εκτάκτως οσάκις παρίσταται ανάγκη. Η έκτακτη σύγκληση του Διοικητικού Συμβουλίου είναι υποχρεωτική εφόσον τη ζητήσουν δύο (2) τουλάχιστον μέλη του με αίτησή τους προς τον Πρόεδρο του Διοικητικού Συμβουλίου.
6. Το Διοικητικό Συμβούλιο αποφασίζει για κάθε θέμα που αφορά στη διοίκηση, εκπροσώπηση και διαχείριση και εν γένει την επιδίωξη του σκοπού και τη λειτουργία του Μουσείου. Το Διοικητικό Συμβούλιο μπορεί να αναθέτει ορισμένες από τις ανωτέρω εξουσίες διαχείρισης και εκπροσώπησης σε ένα ή περισσότερα πρόσωπα, μέλη του ή μη, ενεργούντα από κοινού ή μεμονωμένα.
7. Το Μουσείο εκπροσωπείται δικαστικώς και εξωδίκως από τον Πρόεδρο του Διοικητικού Συμβουλίου και σε περίπτωση απουσίας ή κωλύματός του από τον Αντιπρόεδρο ή άλλο μέλος του Δ.Σ. που ορίζεται με ειδική απόφασή του.
8. Η θέση του Προέδρου και του μέλους του διοικητικού συμβουλίου είναι τιμητική και άμισθη.