1. Στον «Μητροπολιτικό Οργανισμό Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης», συνιστώνται και λειτουργούν οι ακόλουθες Διευθύνσεις: α) Μοντέρνας Τέχνης, β) Σύγχρονης Τέχνης, γ) Φωτογραφίας. Στο πλαίσιο του Οργανισμού ιδρύεται και λειτουργεί ως αυτοτελές Τμήμα αυτού το Πειραματικό Κέντρο Τεχνών. Οι Διευθύνσεις Μοντέρνας Τέχνης, Σύγχρονης Τέχνης και Φωτογραφίας, εφόσον διαθέτουν συλλογές διακριτές μεταξύ τους, διατηρούν στο πλαίσιο της δημόσιας επικοινωνίας και παρουσίας τους τον τίτλο του «Μουσείου».
2. Εντός έξι μηνών από την έναρξη ισχύος του παρόντος, το Διοικητικό Συμβούλιο, σε συνεργασία με τον Γενικό Διευθυντή και την Καλλιτεχνική Επιτροπή, καταρτίζει Κανονισμό Εσωτερικής Λειτουργίας του Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης σύμφωνα με τους όρους του άρθρου 4 παρ. 1 του ν. 3429/2005 (Α΄314), όπως ισχύει. Με τον Εσωτερικό Οργανισμό – Κανονισμό Λειτουργίας ρυθμίζεται ειδικότερα κάθε θέμα που αφορά στην εσωτερική οργάνωση και λειτουργία του Οργανισμού, όπως η διάρθρωση των υπηρεσιών, οι θέσεις κατά ειδικότητα του αναγκαίου ανά υπηρεσιακή μονάδα προσωπικού, η κατανομή των αρμοδιοτήτων του προσωπικού και η υπηρεσιακή του κατάσταση, οι αποσπάσεις υπαλλήλων, οι πειθαρχικές εξουσίες, τα πειθαρχικά παραπτώματα και οι ποινές, οι ειδικότεροι τρόποι προσπορισμού εσόδων και η κατά κατηγορία νόμιμη διαδικασία λογιστικής διαχείρισης αυτών.
3. Mε κανονιστικές αποφάσεις του, που εγκρίνονται με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Πολιτισμού, δημοσιεύονται στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης και τροποποιούν τον Κανονισμό-Οργανισμό Εσωτερικής Υπηρεσίας του Οργανισμού, το Διοικητικό Συμβούλιο, εφόσον περιέρχονται καθ’ οιονδήποτε τρόπο στον Οργανισμό σημαίνουσες συλλογές έργων τέχνης, που εμπίπτουν σε ιδιαίτερο ή νέο είδος εικαστικής καλλιτεχνικής δημιουργίας, όπως η γλυπτική, το αρχτεκτονικό και βιομηχανικό σχέδιο ή τα κόμικς, μπορεί, για τον σκοπό της διαχείρισης αυτών και την προαγωγή του κατά περίπτωση είδους καλλιτεχνικής δημιουργίας, να ιδρύει νέες υπηρεσιακές μονάδες, αυτοτελείς ή μη, που φέρουν στο πλαίσιο της δημόσιας επικοινωνίας τους τον τίτλο “Μουσείο”. Εφόσον δε οι εν λόγω συλλογές περιέρχονται στον Οργανισμό κατόπιν δωρεάς ή δωρεάν κατά χρήση παραχώρησης αυτών, ιδίως δε όταν τέτοια παραχώρηση συμπεριλαμβάνει κατάλληλες εγκαταστάσεις στέγασης αυτών και εξοπλισμό, το Διοικητικό Συμβούλιο μπορεί, με τις αποφάσεις του προηγουμένου εδαφίου, να διασφαλίζει τη συμμετοχή με συμβουλευτική ψήφο εκπροσώπου του δωρητή ή του δωρεάν παραχωρούντος τη χρήση των συλλογών στις συνεδριάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου και της κατά περίπτωση αρμόδιας Εφορείας, να ρυθμίζει ειδικότερα των τρόπο συμμετοχής των ιδρυομένων υπηρεσιακών μονάδων στη κατανομή των υπολοίπων διαθεσίμων, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 12 του παρόντος καθώς και να προβλέπει τη για ορισμένο χρόνο διατήρηση τυχόν μελών του προσωπικού του δωρητή ή του παραχωρούντος, η συμβολή των οποίων για την ομαλή ένταξη των συλλογών στη λειτουργία του Οργανισμού κρίνεται απαραίτητη. Για την ίδρυση και λειτουργία των εν λόγω νέων υπηρεσιακών μονάδων, ιδίως δε για την ένταξη των δωρηθέντων ή δωρεάν κατά χρήση παραχωρηθέντων ακινήτων, κινητών ή δικαιωμάτων στην περιουσία του Οργανισμού εκτός των σχετικών όρων της σύμβασης δωρεάς ή παραχώρησης, εφαρμόζονται αναλόγως οι διατάξεις του άρθρου 10 του παρόντος για την ένταξη στη περιουσία του Οργανισμού των δικαιωμάτων χρήσης των συλλογών, εξοπλισμού και εγκαταστάσεων του “Μακεδονικού Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης”.
4. Ο Γενικός Διευθυντής επικουρείται στο έργο του από Καλλιτεχνική Επιτροπή, την οποία απαρτίζουν οι Διευθυντές επικεφαλής των τριών Διευθύνσεων καθώς και του Κέντρου Σύγχρονης Τέχνης. Η Καλλιτεχνική Επιτροπή συγκαλείται από τον Γενικό Διευθυντή και συνεδριάζει τουλάχιστον μία φορά τον μήνα, καθώς και όποτε το ζητήσει ένα από τα μέλη της. Έργο της Καλλιτεχνικής Επιτροπής είναι να εξετάζει τρόπους που διευκολύνουν συνολικά το καλλιτεχνικό και εκπαιδευτικό πρόγραμμα και γενικότερα τους στόχους του «Μητροπολιτικού Οργανισμού Μουσείων Εικαστικών Τεχνών Θεσσαλονίκης» και να εισηγείται στο Γενικό Διευθυντή οποιοδήποτε θέμα έχει σχέση με το επιστημονικό, διοικητικό και το βοηθητικό προσωπικό του Μουσείου. Η Καλλιτεχνική Επιτροπή εισηγείται επίσης στο Γενικό Διευθυντή και στο Διοικητικό Συμβούλιο τον εμπλουτισμό των συλλογών του Μουσείου με αγορές, καθώς και την αποδοχή δωρεών, χορηγιών, κληρονομιών, κληροδοσιών και παραχωρήσεων.
5. Ο Γενικός Διευθυντής, μετά από εισήγηση της Καλλιτεχνικής Επιτροπής, μπορεί να ορίζει σύμβουλο για εικαστικά θέματα καθώς και ειδικούς Έλληνες ή ξένους επιστήμονες πραγματογνώμονες για την εξέταση της γνησιότητας ή την αποτίμηση προσφερόμενων ή αγοραζόμενων έργων. Η αμοιβή του συμβούλου και των πραγματογνωμόνων καθορίζεται με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου, λαμβανομένων υπ’ όψιν των οικονομικών δυνατοτήτων του Οργανισμού. Μπορεί ακόμη να του ανατίθεται ο συντονισμός της λειτουργίας και των δραστηριοτήτων κλειστού ομίλου ή λέσχης Δωρητών του Οργανισμού, που έχει τυχόν συσταθεί και οργανωθεί, με σχετική απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου, για την συγκέντρωση δωρεών.
6. Με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου, μετά από εισήγηση ή γνώμη του Γενικού Διευθυντή, είναι δυνατόν να μεταβιβάζονται αρμοδιότητες του τελευταίου στους Διευθυντές.