1. Το Δ.Σ. διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Πολιτισμού και Αθλητισμού που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης, είναι επταμελές και αποτελείται από:
α) τον Πρόεδρο τον οποίο επιλέγει ο Υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού,
β) Τον Πρόεδρο του Δημοτικού Διαμερίσματος Παπάδου της Δημοτικής ενότητας Γέρας του Δήμου Λέσβου, με αναπληρωτή τον Αντιπρόεδρο του ίδιου Δημοτικού Διαμερίσματος,
γ) τον Πρόεδρο του Τμήματος Πολιτισμικής Τεχνολογίας και Επικοινωνίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου με αναπληρωτή τον Πρόεδρο του Τμήματος Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας του ίδιου Πανεπιστημίου,
δ) τον προϊστάμενο της Εφορίας Αρχαιοτήτων Λέσβου με αναπληρωτή τον Προϊστάμενο της Υπηρεσίας Νεότερων Μνημείων και Τεχνικών Έργων Βορείου Αιγαίου,
ε) δύο (2) μέλη της Εταιρείας «Αρχιπέλαγος», με τους αναπληρωτές τους, που υποδεικνύονται από την Εταιρεία «Αρχιπέλαγος», ως μέλη.
Τα μέλη της περ. ε) πρέπει να υποδεικνύονται δυο (2) τουλάχιστον μήνες πριν από τη λήξη της θητείας των μελών του απερχόμενου Δ.Σ.. Αν τα πρόσωπα δεν υποδειχθούν εντός μηνός, ο Υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού τα ορίζει κατά την κρίση του.
2. Η θητεία των μελών του Δ.Σ. είναι τριετής. Μέλος που διορίζεται σε αντικατάσταση άλλου, διορίζεται για το υπόλοιπο της θητείας του προκατόχου του. Σε περίπτωση κατάργησης, με οποιονδήποτε τρόπο, των ανωτέρω φορέων ή θέσεων, ο Υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού αντικαθιστά τα αντίστοιχα μέλη κατά την κρίση του.
3. Η θητεία του απερχόμενου Δ.Σ. παρατείνεται μέχρι τον ορισμό και τη συγκρότηση νέου. Σε περίπτωση παραίτησης μέλους, ή αδυναμίας άσκησης των καθηκόντων του πέραν των τριών (3) μηνών, αυτό αντικαθίσταται με απόφαση του Υπουργού Πολιτισμού και Αθλητισμού για τον χρόνο που υπολείπεται μέχρι τη λήξη της θητείας του απολειπόμενου μέλους.
4 Το Δ.Σ. αποφασίζει για κάθε υπόθεση που αφορά στη διοίκηση του Μουσείου και τη διαχείριση της περιουσίας του, ιδίως τον προϋπολογισμό του Μουσείου, τη σύναψη συμβάσεων ανάληψης υποχρεώσεων και δικαιωμάτων του Μουσείου, την αποδοχή δωρεών, εισφορών ή χορηγιών, τη σύναψη δανείων και την έγκριση των λειτουργικών και άλλων δαπανών. Επιπλέον, διενεργεί έλεγχο του έργου του Διευθυντή στο τέλος κάθε διαχειριστικής δράσης. Το Δ.Σ. εισηγείται στον Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού για κάθε θέμα της αρμοδιότητάς του που αφορά στο Μουσείο, διενεργεί έλεγχο νομιμότητας επί των πράξεων του Διευθυντή και έχει κάθε άλλη αρμοδιότητα που δεν έχει ανατεθεί ειδικά σε άλλο όργανο του Μουσείου. Κατά των αποφάσεων του Δ.Σ., κάθε έχων έννομο συμφέρον δύναται να ασκήσει ενδικοφανή διοικητική προσφυγή ενώπιον του Υπουργού Πολιτισμού και Αθλητισμού εντός τριάντα (30) ημερών από την έκδοση της απόφασης, άλλως από τη γνώση αυτής.
5. Ο Πρόεδρος του Δ.Σ. εκπροσωπεί το Μουσείο δικαστικά και εξώδικα.
6. Το Δ.Σ. συγκροτείται σε Σώμα εντός δεκαπέντε (15) ημερών από τον ορισμό του και συνεδριάζει τακτικά κάθε δύο (2) μήνες μετά από πρόσκληση του Προέδρου του, η οποία κοινοποιείται στα μέλη προ οκτώ (8) ημερών και περιλαμβάνει τα προς συζήτηση θέματα, τον τόπο και τον χρόνο συνεδρίασης. Οι συνεδριάσεις δύναται να διεξάγονται και με τη χρήση ηλεκτρονικών μέσων (τηλεδιάσκεψη). Το Δ.Σ. συνεδριάζει έκτακτα, εφόσον το ζητήσει ο Πρόεδρος ή δύο (2) τουλάχιστον μέλη του με έγγραφο το οποίο πρέπει να κοινοποιηθεί στα υπόλοιπα μέλη προ οκτώ (8) ημερών και να αναφέρει τα προς συζήτηση θέματα, καθώς και τον τόπο και χρόνο της συνεδρίασης.
7. Το Δ.Σ. βρίσκεται σε απαρτία, εφόσον παρίστανται τέσσερα (4) τουλάχιστον μέλη του. Οι αποφάσεις του λαμβάνονται κατά πλειοψηφία των παρόντων μελών και σε περίπτωση ισοψηφίας υπερισχύει η ψήφος του Προέδρου, ο οποίος προεδρεύει των συνεδριάσεων. Για τις συνεδριάσεις τηρούνται πρακτικά, τα οποία υπογράφονται από τα παρόντα μέλη και τον γραμματέα.
8. Τα μέλη του Δ.Σ. και ο γραμματέας δεν λαμβάνουν καμία αμοιβή ή αποζημίωση για τη συμμετοχή τους στις συνεδριάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου, πέραν των οδοιπορικών εξόδων τους.
9. Χρέη γραμματέα ασκεί διοικητικός υπάλληλος του μουσείου, που ορίζεται με την πράξη συγκρότησης του Δ.Σ..
10. Το Δ.Σ. μπορεί να αναθέτει σε οποιοδήποτε από τα μέλη του ειδικά καθήκοντα, σχετικά με τις αρμοδιότητές του.
11. Εντός τριάντα (30) ημερών από τη σχετική πρόσκληση του Υπουργού Πολιτισμού και Αθλητισμού, το Δ.Σ. του Μουσείου καταρτίζει τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας του, ο οποίος εγκρίνεται με απόφαση του Υπουργού Πολιτισμού και Αθλητισμού και δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, σύμφωνα με όσα ορίζονται στο άρθρο 47. Εάν παρέλθει άπρακτη η ως άνω προθεσμία, ο Υπουργός προβαίνει μόνος στην κατάρτιση του Οργανισμού με απόφασή του.