Οι προϊστάμενοι των Τμημάτων ρυθμίζουν υπό την εποπτεία του προϊσταμένου τους τη διεξαγωγή των εργασιών των Τμημάτων ευθύνης τους, διασφαλίζουν την έγκαιρη διεκπεραίωση των υπηρεσιακών θεμάτων, συνυπογράφουν με τους προϊσταμένους τους όλα τα έγγραφα του Τμήματος τους και ασκούν κάθε άλλη σχετική αρμοδιότητα. Οι ειδικότερες αρμοδιότητες των Προϊσταμένων Τμημάτων καθορίζονται στον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας.