Οι προϊστάμενοι Διευθύνσεων μεριμνούν για την επιδίωξη των στόχων του επιχειρησιακού προγράμματος του Ο.Δ.Α.Π. και την εκπλήρωση των σκοπών του, στο αντικείμενο ευθύνης τους, μεριμνούν για την τήρηση των νόμιμων προθεσμιών, ευθύνονται για την εύρυθμη και αποδοτική λειτουργία των Διευθύνσεων τους, παρακολουθούν, εποπτεύουν και ελέγχουν τους υφιστάμενους τους, και κινούν την κατά περίπτωση πειθαρχική διαδικασία. Ενημερώνουν και εισηγούνται στον προϊστάμενο της Γενικής Διεύθυνσης ή στο Δ.Σ. του Ο.Δ.Α.Π. όποτε τους ζητηθεί, για θέματα σχετικά με τον τομέα ευθύνης τους και τις αρμοδιότητές τους. Οι ειδικότερες αρμοδιότητες των Προϊσταμένων Διευθύνσεων καθορίζονται στον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας.