Το αυτοτελές Τμήμα Γραμματείας Ο.Δ.Α.Π., λειτουργεί σε επίπεδο Τμήματος, υπάγεται στον Προϊστάμενο της Γενικής Διεύθυνσης, διαχειρίζεται το πρωτόκολλο και την αλληλογραφία του Ο.Δ.Α.Π., μεριμνά για την έγκαιρη και έγκυρη ενημέρωση των συναλλασσόμενων πολιτών ή επιχειρήσεων, για την πορεία των υποθέσεών τους και υποστηρίζει τη λειτουργία της Γενικής Διεύθυνσης και του προϊσταμένου αυτής.