1. Σε έκαστο Μουσείο συστήνεται μία (1) θέση Γενικού Διευθυντή, ο οποίος διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Πολιτισμού και Αθλητισμού, η οποία εκδίδεται μετά από ειδικώς αιτιολογημένη γνώμη της Ειδικής Επιτροπής Αξιολόγησης και Επιλογής της παρ. 2 του άρθρου 16 και δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Ο Γενικός Διευθυντής διορίζεται για τριετή θητεία, η οποία μπορεί να ανανεώνεται με απόφαση του Υπουργού Πολιτισμού και Αθλητισμού, για επιπλέον δύο (2) θητείες τριετούς διάρκειας έκαστη. Για τον διορισμό του Γενικού Διευθυντή εφαρμόζεται η υπ’ αρ. 33/2006 Πράξη του Υπουργικού Συμβουλίου (Α΄ 280).
2. Αν, για οποιονδήποτε λόγο, ο Γενικός Διευθυντής εκλείψει προ της λήξης της θητείας του, χρέη Γενικού Διευθυντή εκτελεί προσωρινά ο προϊστάμενος της Διεύθυνσης Συλλογών και Εκθέσεων του άρθρου 18 έως τον διορισμό του νέου Γενικού Διευθυντή, ο οποίος διορίζεται για το υπόλοιπο της θητείας του Γενικού Διευθυντή που εξέλιπε.