1. Κάθε φορέας του δημόσιου τομέα τηρεί ηλεκτρονικό πρωτόκολλο, στο οποίο καταχωρίζονται πράξεις, όπως η έκδοση, παραλαβή, κοινοποίηση, διαβίβαση εγγράφων, τα οποία είτε εκδίδονται από αυτόν είτε βρίσκονται ή περιέρχονται στην κατοχή του στο πλαίσιο της άσκησης των αρμοδιοτήτων του.
2. Η καταχώριση στο ηλεκτρονικό πρωτόκολλο που τηρείται από τον φορέα του δημόσιου τομέα πραγματοποιείται, ανεξάρτητα από το εάν η παραγωγή, έκδοση ή διακίνηση εγγράφων πραγματοποιείται με ηλεκτρονικό ή μη τρόπο και ανεξάρτητα από το εάν η διοικητική πράξη ή ενέργεια διεκπεραιώνεται εξ ολοκλήρου ή εν μέρει με ηλεκτρονικό τρόπο.
3. Τα συστήματα ηλεκτρονικού πρωτοκόλλου εκδίδουν ηλεκτρονικό αποδεικτικό καταχώρισης που περιλαμβάνει στοιχεία ταυτοποίησης του εγγράφου, όπως εκδότης, θέμα, ημερομηνία και ώρα καταχώρισης, καθώς και τον μοναδικό αριθμό ηλεκτρονικού πρωτοκόλλου. Ως χρόνος καταχώρισης στο ηλεκτρονικό πρωτόκολλο λογίζεται η ημερομηνία και ώρα που αναγράφεται στο αποδεικτικό καταχώρισης.
4. Η βεβαίωση καταχώρισης στο ηλεκτρονικό πρωτόκολλο γνωστοποιείται στο συναλλασσόμενο φυσικό ή νομικό πρόσωπο ή νομική οντότητα με χρήση ΤΠΕ, σύμφωνα με τα οριζόμενα στο άρθρο 29, εκτός εάν αυτό έχει αιτηθεί ή επιλέξει διαφορετικά κατά την αρχική επικοινωνία. Με την προϋπόθεση της αυθεντικοποίησης, τα συναλλασσόμενα με τον φορέα του δημόσιου τομέα φυσικά ή νομικά πρόσωπα ή νομικές οντότητες μπορούν να ενημερώνονται με χρήση ΤΠΕ αναφορικά με τη διακίνηση των εγγράφων που έχουν πρωτοκολληθεί και εν γένει για την πορεία της υπόθεσης που τα αφορά.