Η διάρθρωση και λειτουργία των υπηρεσιών της ΝΕΡΙΤ Α.Ε. καθορίζονται με τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας της ΝΕΡΙΤ Α.Ε., ο οποίος καταρτίζεται με απόφαση του Προέδρου και Διευθύνοντος Συμβούλου και εγκρίνεται από το Διοικητικό Συμβούλιο και κατόπιν από το Εποπτικό Συμβούλιο.