Αποστολή της ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. είναι η αξιοποίηση των ακινήτων ιδιοκτησίας του Ταμείου Εθνικής Άμυνας (Τ.ΕΘ.Α.), του Ταμείου Εθνικού Στόλου (Τ.Ε.Σ.) και του Ταμείου Αεροπορικής Άμυνας (Τ.Α.Α.) που δεν χρησιμοποιούνται για στρατιωτικούς σκοπούς, καθώς και η αξιοποίηση των ακινήτων του Μετοχικού Ταμείου Στρατού (Μ.Τ.Σ.), του Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) και του Μετοχικού Ταμείου Αεροπορίας (Μ.Τ.Α.), προς όφελος των Ενόπλων Δυνάμεων και των στελεχών τους.