1. Ως Υποδιευθυντής ορίζεται ο αρχαιότερος Γενικός Ελεγκτής Β’.
2. Ο Υποδιευθυντής αναπληρώνει τον Διευθυντή κατά την απουσία του. Τοποθετείται με απόφαση του Αρχηγού του Γ.Ε.Ε.Θ.Α. κατόπιν εισήγησης του Διευθυντή του Σώματος.
3. Κατά την αρχική στελέχωση του Σώματος, πρέπει να έχει τη μέγιστη εμπειρία σε τακτικές, ειδικές και έκτακτες οικονομικές επιθεωρήσεις και ελέγχους, σε όλες τις κατηγορίες των Διαχειρίσεων των Ενόπλων Δυνάμεων, οι οποίες εμπίπτουν στην αρμοδιότητα του Σ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ. Περαιτέρω, πρέπει να είναι κάτοχος αναγνωρισμένου πανεπιστημιακού τίτλου στα χρηματοοικονομικά – οικονομικά.