1. Το Σ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ. διαρθρώνεται ως εξής :
α) Διεύθυνση Οικονομικής Επιθεώρησης – Εσωτερικού Ελέγχου (Δ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ.), η οποία έχει τις εξής αρμοδιότητες:
αα) Χειρίζεται θέματα που αφορούν στην οργάνωση, λειτουργία και εκπαίδευση του Σώματος.
ββ) Ενημερώνει τον Υπουργό Εθνικής Άμυνας, δια του Αρχηγού του Γ.Ε.ΕΘ.Α., για όλα τα θέματα που απορρέουν από την εκτέλεση της αποστολής της.
γγ) Συντάσσει τους ειδικούς κανονισμούς, τα προεδρικά διατάγματα και τις υπουργικές αποφάσεις, που διέπουν την λειτουργία του Σώματος.
δδ) Παρακολουθεί και ελέγχει την εκτέλεση και την πρόοδο των οικονομικών επιθεωρήσεων – ελέγχων.
εε) Τηρεί τους ατομικούς φακέλους των αξιωματικών του Σώματος.
στστ) Παρέχει νομική υποστήριξη για θέματα αρμοδιότητας του Σ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ.
β) Δύο (2) Περιφερειακές Μονάδες Οικονομικής Επιθεώρησης – Εσωτερικού Ελέγχου (Π.Μ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ.), οι οποίες υπάγονται απευθείας στη Δ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ. και είναι ανεξάρτητες από τις κατά τόπους Διοικήσεις των Ενόπλων Δυνάμεων και οι οποίες έχουν ως έδρα την Αθήνα και Θεσσαλονίκη αντίστοιχα. Οι Π.Μ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ. έχουν ως κύρια αρμοδιότητα την εκτέλεση τακτικών και έκτακτων οικονομικών επιθεωρήσεων – εσωτερικών ελέγχων και την υποστήριξη του έργου των Οικονομικών Επιθεωρητών – Εσωτερικών Ελεγκτών που έχουν τοποθετηθεί σε αυτές.
γ) Υπηρεσία Εσωτερικών Υποθέσεων, επιπέδου διεύθυνσης, η οποία υπάγεται απευθείας στον Υπουργό Εθνικής Άμυνας, με αρμοδιότητες που αναγράφονται στις παρ.3 και 4 του άρθρου 15.
2. Στη Δ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ., στις Π.Μ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ και στην Υπηρεσία Εσωτερικών Υποθέσεων, συνιστώνται Τμήματα Γραμματειακής Υποστήριξης που στελεχώνονται από αξιωματικούς, υπαξιωματικούς και πολιτικό προσωπικό, ανάλογων προσόντων, από όλους τους κλάδους των Ενόπλων Δυνάμεων.
3. Με προεδρικό διάταγμα που εκδίδεται ύστερα από πρόταση του Υπουργού Εθνικής Άμυνας ρυθμίζονται θέματα σχετικά με την οργάνωση, διάρθρωση, και τοπική αρμοδιότητα των παραπάνω Υπηρεσιών καθώς και κάθε λεπτομέρεια σχετικά με τη λειτουργία τους.
4. Μέχρι να συγκροτηθεί η Δ.Ο.Ε.Ε.ΕΛ., οι αρμοδιότητές της που ανακύπτουν από τις διατάξεις του παρόντος, ασκούνται από κοινού από τις Διευθύνσεις Οικονομικών Επιθεωρήσεων των τριών κλάδων των Ενόπλων Δυνάμεων και από την Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας (ΥΠΕΘΑ/ΜΕΕ), υπό την εποπτεία του Διευθυντή της ΥΠΕΘΑ/ΜΕΕ.