- Ο ΕΛΠΠΑ διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο του ΜΤΑ, το οποίο, στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων του:
α) αποφασίζει για κάθε θέμα που αφορά στα έσοδα και έξοδα του ΕΛΠΠΑ και διασφαλίζει τα συμφέροντα και την εκπλήρωση του σκοπού του και
β) αποφασίζει για τον προϋπολογισμό, τον απολογισμό και τον ισολογισμό του ΕΛΠΠΑ, οι οποίοι προωθούνται για τις περαιτέρω απαιτούμενες εγκρίσεις με τον προϋπολογισμό, απολογισμό και ισολογισμό του ΜΤΑ, σύμφωνα με τα άρθρα 4 και 30 του ν.δ. 496/1974 (Α΄ 204).
- Η διαχείριση και η λογιστική παρακολούθηση του ΕΛΠΠΑ ασκούνται από το ΜΤΑ.
- Οι προϋπολογισμοί, οι απολογισμοί και οι ισολογισμοί του ΕΛΠΠΑ εγκρίνονται από τον Υπουργό Εθνικής Άμυνας.
- Ο ΕΛΠΠΑ εκπροσωπείται ενώπιον των δικαστηρίων και κάθε άλλης αρχής από τον Γενικό Διευθυντή του ΜΤΑ ή άλλο μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του ΜΤΑ, μετά από έγκριση του τελευταίου.
- Το ΜΤΑ μεριμνά για το άνοιγμα τραπεζικού λογαριασμού του ΕΛΠΠΑ στην Τράπεζα της Ελλάδος.