Η διοίκηση και διαχείρισή της περιοχής «Προστασίας της Φύσης» και των «Προστατευόμενων Φυσικών Σχηματισμών», όπως αυτή χαρακτηρίσθηκε και οριοθετήθηκε σύμφωνα με το άρθρο 2 του παρόντος, καθώς και η σύνταξη, παρακολούθηση της εφαρμογής και αξιολόγηση των πενταετή σχεδίων διαχείρισης, καθώς και των προγραμμάτων δράσης που τα συνοδεύουν, που αναφέρονται στο άρθρο 18 παρ. 5 του ν. 1650/1986, όπως τροποποιήθηκε με το ν. 2742/1999 και το ν. 3937 /2011, ανατίθενται στη Γενική Δ/νση Χωροταξίας και Περιβαλλοντικής Πολιτικής της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Αιγαίου (η οποία, μέχρι τη σύσταση της Δ/νσης Συντονισμού Προστατευόμενων Περιοχών, σύμφωνα με της διατάξεις της παρ. 2 του άρθρου 7 του ν. 3937 /2011 , δύναται να αναθέσει σε υπηρεσία της, αρμοδιότητες της παρ. 2 του άρθρου 15 του ν. 2742/1999), που στο εξής θα αναφέρεται στο παρόν ως οικείος Φορέας Διαχείρισης της περιοχής.