Πόροι της Ο.Κ.Ε. είναι η επιχορήγηση από τον προϋπολογισμό του Υπουργείου Οικονομικών, στον οποίο αναγράφεται ειδικός κωδικός αριθμός. Χρηματοδοτήσεις από άλλες πηγές είναι δυνατές, εφόσον γίνουν αποδεκτές ομόφωνα από την Εκτελεστική Επιτροπή της Ο.Κ.Ε.. Αν δεν υπάρξει ομόφωνη απόφαση της Εκτελεστικής Επιτροπής, τότε η απόφαση λαμβάνεται με πλειοψηφία του όλου αριθμού των μελών στην Ολομέλεια. Η διαχείριση της Ο.Κ.Ε. δεν υπάγεται στις διατάξεις του δημόσιου λογιστικού και του δημόσιου τομέα. Η Ολομέλεια καταρτίζει κάθε χρόνο τον προϋπολογισμό και εγκρίνει τον απολογισμό. Ο προϋπολογισμός και ο απολογισμός δημοσιεύονται και στον ιστότοπο της Ο.Κ.Ε..