1. Στην Κεντρική Υπηρεσία του ΝΣΚ, λειτουργούν οι Διευθύνσεις: α) Διοικητικού και Λειτουργικής Υποστήριξης, β) Οικονομικών Υποθέσεων και γ) Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, στις οποίες προΐστανται διοικητικοί υπάλληλοι του ΝΣΚ.
2. Στη Διεύθυνση Διοικητικού και Λειτουργικής Υποστήριξης, υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα: α) Τμήμα Διοικητικού Προσωπικού, β) Τμήμα Αρχείου και γ) Τμήμα Διεκπεραίωσης.
3. Στη Διεύθυνση Οικονομικών Υποθέσεων υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα:
α) Τμήμα Προϋπολογισμού, Δημοσιονομικών Αναφορών, Συμβάσεων, Προμηθειών και Συντήρησης, β) Τμήμα Εκκαθάρισης Αποδοχών Προσωπικού ΝΣΚ, γ) Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης, δ) Τμήμα Λογιστικής Παρακολούθησης και Πληρωμών Δαπανών, ε) Τμήμα Εκκαθάρισης Αμοιβών και στ) Τμήμα Εκκαθάρισης Δικαστικών Δαπανών.
4. Στη Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα: α) Τμήμα Υποδομών Πληροφορικής, β) Τμήμα Διαχείρισης των Ηλεκτρονικών Συστημάτων και των Βάσεων Δεδομένων και Υποστήριξης των Χρηστών, και γ) Τμήμα Ηλεκτρονικής Διαχείρισης Εγγράφων και Δεδομένων.