1.Η Κεντρική Υπηρεσία του ΝΣΚ συγκροτείται από τις ακόλουθες υπηρεσιακές μονάδες: α) Γραφείο Προέδρου, β) Γραμματεία ΝΣΚ, γ) Σχηματισμούς Δικαστικών και Εξωδικαστικών Υποθέσεων, δ) Διεύθυνση Διοικητικού και Λειτουργικής Υποστήριξης, ε) Διεύθυνση Οικονομικών Υποθέσεων και στ) Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης.
2. Στην Κεντρική Υπηρεσία του ΝΣΚ στεγάζονται και λειτουργούν και οι υπηρεσιακές μονάδες του Γραφείου Επιθεώρησης ΝΣΚ και του Αυτοτελούς Γραφείου Δεδομένων.