Ο Πρόεδρος του ΝΣΚ είναι Αντιπρόσωπος (Agent) της Ελληνικής Δημοκρατίας στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΔΔΑ) και μπορεί να ορίσει ως αναπληρωτή του Αντιπρόεδρο ή Νομικό Σύμβουλο του Κράτους. Τα καθήκοντά του, είναι τα εξής: α) αναθέτει στους λειτουργούς του ΝΣΚ τον χειρισμό των προσφυγών κατά της Ελληνικής Δημοκρατίας ενώπιον του ΕΔΔΑ, καθώς και τις εντολές για την άσκηση παρεμβάσεων, β) αλληλογραφεί και συνεργάζεται με το Δικαστήριο για γενικότερα ζητήματα που ανακύπτουν ενώπιον αυτού και ιδίως ενημερώνει το Δικαστήριο για κάθε ζήτημα που αφορά στην εθνική έννομη τάξη, εφόσον ερωτηθεί, γ) συνεργάζεται με τις αρμόδιες εθνικές υπηρεσίες, καθώς και τις υπηρεσίες του Συμβουλίου της Ευρώπης, για τον προσδιορισμό των αναγκαίων ατομικών και γενικών μέτρων συμμόρφωσης προς τις αποφάσεις του ΕΔΔΑ και παρακολουθεί την εξέλιξη των σχετικών εθνικών διαδικασιών, δ) χορηγεί την εντολή καταβολής των χρηματικών ποσών που επιδικάζονται με αποφάσεις του ΕΔΔΑ, ε) ενημερώνει την Επιτροπή Μονίμων Αντιπροσώπων του Συμβουλίου της Ευρώπης, μέσω της Μόνιμης Ελληνικής Αντιπροσωπείας (ΜΕΑ), για την πορεία λήψης των ατομικών και γενικών μέτρων συμμόρφωσης προς τις αποφάσεις του ΕΔΔΑ, στ) ενημερώνει τις εθνικές Αρχές για τη σημαντική νομολογία του ΕΔΔΑ, με σκοπό την καλύτερη εφαρμογή της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ) σε εθνικό επίπεδο, ζ) ενημερώνει τις εθνικές Αρχές για έγγραφα και μνημόνια της Υπηρεσίας Εκτέλεσης Αποφάσεων του ΕΔΔΑ της Γραμματείας του Συμβουλίου της Ευρώπης, με τα οποία τίθενται γενικές αρχές ως προς την εκτέλεση των αποφάσεων του ΕΔΔΑ, η) συνεργάζεται με τους αντιπροσώπους (Agents) των άλλων κρατών-μελών για κοινή αντιμετώπιση ζητημάτων που αναφύονται, είτε κατά τον χειρισμό των υποθέσεων ενώπιον του ΕΔΔΑ, είτε κατά το στάδιο της εκτέλεσης των αποφάσεων του δικαστηρίου αυτού και θ) συμμετέχει, κατά περίπτωση και κατόπιν συνεννόησης με τη ΜΕΑ, είτε ο ίδιος, είτε άλλος λειτουργός του ΝΣΚ οριζόμενος από αυτόν, στις συνόδους της Επιτροπής Μονίμων Αντιπροσώπων του Συμβουλίου της Ευρώπης ή σε συνεδριάσεις άλλων συναφών οργάνων. Για τα πρόσθετα αυτά καθήκοντα του Προέδρου του ΝΣΚ, καταβάλλεται η πάγια μηνιαία αποζημίωση που προβλέπεται στην υπ’ αρ. 2/12492/002/14.4.2003 (Β΄ 466) απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Οικονομικών.