- Το Υπουργείο Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών σχεδιάζει, συντονίζει και χρηματοδοτεί το ΑΠΔΕ μέσω της Διεύθυνσης Δημοσίων Επενδύσεων της Γενικής Διεύθυνσης Δημοσίων Επενδύσεων.
- Υπηρεσίες διαχείρισης, ενδιάμεσοι φορείς ή άλλοι φορείς που εκτελούν καθήκοντα ταμείου χαρτοφυλακίου ή ειδικού ταμείου, έχουν αρμοδιότητα διαχείρισης εθνικών, επιχειρησιακών ή άλλων προγραμμάτων του ΑΠΔΕ σύμφωνα με τα ειδικότερα Συστήματα Διαχείρισης και Ελέγχου, που διέπουν αυτά τα προγράμματα.
- Οι φορείς της παρ. 2 συνεργάζονται με το Υπουργείο Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών για τον προγραμματισμό, την υλοποίηση και παρακολούθηση του ΑΠΔΕ.