- Η χρηματοδότηση των έργων, που εντάσσονται στις ΣΑ του ΑΠΔΕ, πραγματοποιείται με αποφάσεις του αρμόδιου για το ΑΠΔΕ Υπουργού, μέσω λογαριασμών δημοσίων επενδύσεων που τηρούνται στην Τράπεζα της Ελλάδος σε επίπεδο ΣΑ.
- Τα αιτήματα χρηματοδότησης υποβάλλονται σε μηνιαία βάση ή ανάλογα με τις ανάγκες πληρωμών των έργων από τους αρμόδιους φορείς διαχείρισης και, εφόσον δεν υπάρχουν, από τους αρμόδιους φορείς χρηματοδότησης. Τα αιτήματα του πρώτου εδαφίου συνοδεύονται από κατανομή των αιτούμενων ποσών ανά έργο και υπόλογο διαχειριστή.
- Τα αιτήματα χρηματοδότησης αξιολογούνται και εγκρίνονται ολικά ή μερικά με την απόφαση χρηματοδότησης, λαμβανομένων υπόψη των συνολικών αναγκών χρηματοδότησης των έργων, της έγκρισης πιστώσεων υπερδέσμευσης, καθώς και των ορίων δαπανών κάθε έτους.
- Με βάση τα στοιχεία της απόφασης χρηματοδότησης, εγκρίνονται οι αντίστοιχες πιστώσεις ανά έργο και διαμορφώνονται στο e-ΠΔΕ του άρθρου 38 τα όρια ανά έργο, μέχρι τα οποία είναι δυνατή η πληρωμή των δαπανών.
- Οι χρηματοδοτήσεις των έργων δεν δύνανται να υπερβαίνουν τον υπόλοιπο προς ολοκλήρωση εγκεκριμένο προϋπολογισμό τους.
- Φορείς χρηματοδότησης ή φορείς διαχείρισης με ικανοποιητικό βαθμό απορρόφησης πόρων μπορούν να χρηματοδοτούνται κατά προτεραιότητα με πρόσθετο όριο πιστώσεων για την εκτέλεση του Ετήσιου Προγράμματος ΑΠΔΕ.
- Τα έργα ΑΠΔΕ χρηματοδοτούνται από κεντρικούς λογαριασμούς, ιδίως για τα προγράμματα του Εταιρικού Συμφώνου για το Πλαίσιο Ανάπτυξης, του Ταμείου Ανάκαμψης και Ανθεκτικότητας και του Εθνικού Προγράμματος Ανάπτυξης.