- Η ένταξη έργων στο ΑΠΔΕ γίνεται με την έκδοση απόφασης ένταξης σε πρόγραμμα και την εγγραφή του σε Συλλογική Απόφαση (ΣΑ) του αρμόδιου φορέα χρηματοδότησης, με ευθύνη του φορέα διαχείρισης.
Η απόφαση ένταξης σε πρόγραμμα αποτελεί αυτοδίκαιη πρόταση εγγραφής σε ΣΑ του ΑΠΔΕ και περιλαμβάνει κατ’ ελάχιστον:
α) τον τίτλο του έργου,
β) τον προϋπολογισμό του έργου,
γ) το χρονοδιάγραμμα υλοποίησης,
δ)το αντικείμενοτου έργου,
ε) στοιχεία για την ταξινόμηση που περιλαμβάνει το άρθρο 24, καθώς και
στ) τις υποχρεώσεις του δικαιούχου και ειδικούς όρους, όταν απαιτείται.
Η ΣΑ υπογράφεται από τον αρμόδιο για το ΑΠΔΕ Υπουργό και αναρτάται στο Πρόγραμμα «Διαύγεια», χωρίς να δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
Τα στοιχεία ένταξης των έργων στο ΑΠΔΕ τροποποιούνται με όμοια απόφαση του αρμόδιου για το ΠΔΕ Υπουργού, μετά από αντίστοιχη τροποποίηση της απόφασης ένταξης/χρηματοδότησης του έργου στο οικείο πρόγραμμα.
- Στο πλαίσιο των διαδικασιών ωρίμανσης και υλοποίησης των έργων, δύνανται να εγγράφονται σε ΣΑ του εθνικού ΑΠΔΕ με την ένταξή τους στο ΕΠΑ, έργα με σκοπό να υποβληθούν για χρηματοδότηση στα συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα, ιδίως του Εταιρικού Συμφώνου για το Πλαίσιο Ανάπτυξης, των Ταμείων Μετανάστευσης και Εσωτερικών Υποθέσεων, του Μηχανισμού «Συνδέοντας την Ευρώπη», του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου και του Ταμείου Ανάκαμψης και Ανθεκτικότητας.
- Για την έκδοση της απόφασης ένταξης έργου της παρ. 2 σε πρόγραμμα του ΕΠΑ και την εγγραφή του σε ΣΑ του Εθνικού ΑΠΔΕ, απαιτείται βεβαίωση της υπηρεσίας διαχείρισης του συγχρηματοδοτούμενου προγράμματος που πρόκειται να υποδεχθεί το έργο, στην οποία δηλώνονται η συνάφεια του έργου με τους στόχους του συγχρηματοδοτούμενου προγράμματος, η διαθεσιμότητα των πόρων και το χρονοδιάγραμμα ένταξής του στο πρόγραμμα.
- Η απόφαση ένταξης του έργου στο ΕΠΑ και η εγγραφή του σε ΣΑ του Εθνικού ΑΠΔΕ πραγματοποιούνται, εφόσον στις αντίστοιχες αποφάσεις ένταξης και εγγραφής περιλαμβάνεται όρος που δεν επιτρέπει την ανάληψη νομικών δεσμεύσεων και την πραγματοποίηση πληρωμών του έργου στη συγκεκριμένη ΣΑ μέχρι την ένταξη του έργου σε συγχρηματοδοτούμενο πρόγραμμα. Στην περίπτωση μη ένταξης του έργου σε συγχρηματοδοτούμενο πρόγραμμα, το έργο, με ευθύνη του φορέα χρηματοδότησης, προτείνεται, είτε για ένταξη και χρηματοδότησή σε τομεακά ή περιφερειακά προγράμματα ΕΠΑ, είτε για την απένταξή του.