1. Η Κεντρική Μονάδα Κρατικών Ενισχύσεων σε συνεργασία με τις Αποκεντρωμένες Μονάδες είναι υπεύθυνη για την εφαρμογή των αποφάσεων που αφορούν ανάκτηση παράνομων κρατικών ενισχύσεων.
Ειδικότερα :
α. Σε περίπτωση που η απόφαση της Ε.Ε. δεν προσδιορίζει τους αποδέκτες της ενίσχυσης, ο προσδιορισμός γίνεται από την Κεντρική Μονάδα σε συνεργασία με τις αποκεντρωμένες Μονάδες σύμφωνα με οριζόμενα στην παρ. 48 της υπ΄ αρίθμ. 2007/C272/05 Ανακοίνωσης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για αποτελεσματική εφαρμογή των ανακτήσεων.
β. Η Κεντρική Μονάδα συντονίζει τις ενέργειες της Ελληνικής Δημοκρατίας σχετικά με την ανάκτηση της ενίσχυσης από τους τελικούς αποδέκτες σύμφωνα με οριζόμενα στο άρθρο 14 παρ. 1 του υπ΄ αρίθμ. 659/1999 Διαδικαστικού Κανονισμού της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για τη θέσπιση λεπτομερών κανόνων εφαρμογής του άρθρου 108 της ΣΛΕΕ όπως ισχύει.
γ. Η Κεντρική Μονάδα είναι το κεντρικό σημείο επαφής με την Ε.Ε. αναφορικά με την εφαρμογή της ανάκτησης. Σε περίπτωση δυσκολιών, ενημερώνει την Επιτροπή, προτείνοντας απαραίτητες ρυθμίσεις για την εφαρμογή της απόφασης.
δ. Η Κεντρική Μονάδα συμβουλεύει τις αποκεντρωμένες Μονάδες ως προς τον υπολογισμό των τόκων της ανάκτησης, χρησιμοποιώντας το επιτόκιο αναφοράς και τη μέθοδο ανατοκισμού όπως αυτή έχει προσδιοριστεί στο Κεφάλαιο V του Κανονισμού ΕΚ 794/2004 και υπολογίζονται από την ημερομηνία κατά την οποία η ενίσχυση τέθηκε στη διάθεση του δικαιούχου μέχρι την πραγματική της επιστροφή. Επίσης ελέγχει τα τελικά ποσά πριν τα υποβάλει στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
2. Οι Αποκεντρωμένες μονάδες:
α. Παρέχουν στην Κεντρική Μονάδα της απαραίτητες πληροφορίες για τον προσδιορισμό των τελικών αποδεκτών της ενίσχυσης και υπολογίζουν το προς ανάκτηση (κατά το μέρος που τα παραπάνω δεν προσδιορίζονται στην απόφαση της Ε.Ε).
β. Παίρνουν όλα τα απαραίτητα μέτρα για την εφαρμογή της ανάκτησης, σε συνεργασία και συμφωνία με τις οδηγίες της Κεντρικής Μονάδας