1. Με τον οργανισμό του ιδρύματος ορίζονται η μορφή, η επωνυμία, η διοίκηση και εκπροσώπησή του, η περιουσία, η οικονομική του διαχείριση, τα μέσα και ο τρόπος εκτέλεσης του σκοπού και συμπληρώνονται τυχόν ελλείψεις των όρων της συστατικής πράξης. Αν στον οργανισμό ορίζεται άρτιος αριθμός μελών του διοικητικού συμβουλίου ρυθμίζονται τα θέματα λήψης αποφάσεων σε περίπτωση ισοψηφίας. Τροποποιήσεις του οργανισμού εγκρίνονται σύμφωνα με την παρ. 1 του άρθρου 51.
2. Όταν συνιστάται κεφάλαιο αυτοτελούς διαχείρισης σε κοινωφελές ίδρυμα ή νομικό πρόσωπο κάθε μορφής ή γίνεται αυτό δέκτης σημαντικής χορηγίας για την επίτευξη του σκοπού του και τίθενται όροι του χορηγού για τη διοίκηση και λειτουργία του σχετικά με την αξιοποίηση της χορηγίας, επιτρέπεται η τροποποίηση του οργανισμού του. Η τροποποίηση διενεργείται με απόφαση του αρμόδιου κατά το νόμο οργάνου και έγκριση της αρμόδιας αρχής, εφόσον κρίνεται αναγκαία και δεν συνάγεται αντίθετη βούληση του διαθέτη ή του δωρητή. Κάθε σχετική αμφισβήτηση επιλύεται από το δικαστήριο του άρθρου 11.