Ο προκαταβλητέος φόρος καταβάλλεται μέχρι το τέλος του επόμενου μήνα από την ολοκλήρωση της συναλλαγής, εάν δεν υποβληθεί η σχετική δήλωση γνωστοποίησης της συναλλαγής. Εάν η υποβληθείσα δήλωση γνωστοποίησης της συναλλαγής κριθεί από τον έλεγχο ανακριβής, ο προκαταβλητέος φόρος θεωρείται απαιτητός στο τέλος του επόμενου μήνα από την ολοκλήρωση της συναλλαγής.
Ο προκαταβλητέος φόρος επιστρέφεται εντός ενός μήνα από την ολοκλήρωση του ελέγχου εάν διαπιστωθεί από τον έλεγχο ότι η συναλλαγή είναι πραγματική και συνήθης. Ο προκαταβλητέος φόρος επιστρέφεται εντός τριών μηνών από τη δήλωση του υπόχρεου εάν δεν έχει ολοκληρωθεί ο έλεγχος. Προκειμένου να συμψηφιστεί ο προκαταβλητέος φόρος στην εκκαθάριση της ετήσια δήλωσης φορολογίας εισοδήματος του υπόχρεου, θα πρέπει ο φορολογούμενος να αναμορφώσει φορολογικά τη συγκεκριμένη δαπάνη. Επιπλέον εάν ολοκληρωθεί ο έλεγχος και προκύψει ότι η ελεγχόμενη συναλλαγή δεν είναι συνήθης και πραγματική τότε εκδίδεται εντολή τακτικού ελέγχου για την εν λόγω επιχείρηση