1. Στο Σ.Φ.Δ. λειτουργεί Γραμματεία σε επίπεδο διεύθυνσης, της οποίας ο προϊστάμενος επιλέγεται από την ολομέλεια του Σώματος και διορίζεται με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων. Η πλήρωση της θέσης του προϊσταμένου διεύθυνσης μπορεί, κατά την πρώτη εφαρμογή του παρόντος, να γίνει και με μετάταξη προϊσταμένου διεύθυνσης διοικητικής υπηρεσίας του Δημοσίου ή δικαστηρίου ή ο.τ.α. ή ν.π.δ.δ. που επιλέγεται από το Συμβούλιο Διοίκησης, ύστερα από ανακοίνωση για υποβολή υποψηφιοτήτων που δημοσιεύεται σε δύο ημερήσιες εφημερίδες των Αθηνών. Για τη μετάταξη απαιτείται και γνώμη του υπηρεσιακού συμβουλίου της υπηρεσίας από την οποία ο υπάλληλος μετατάσσεται. Η μετάταξη γίνεται με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και του οικείου υπουργού. Ο διοριζόμενος ή μετατασσόμενος δεν πρέπει να έχει υπερβεί το 60ό έτος της ηλικίας του.
2. Η κατά την πρώτη εφαρμογή του παρόντος πλήρωση των θέσεων προϊσταμένων τμημάτων γίνεται με μετάταξη υπαλλήλων βαθμού Α΄ του Δημοσίου, ο.τ.α. ή ν.π.δ.δ., περιλαμβανομένων και των υπαλλήλων των δικαστηρίων και εισαγγελιών, ή με διορισμό, ύστερα από ανακοίνωση για υποβολή υποψηφιοτήτων που δημοσιεύεται σε δύο ημερήσιες εφημερίδες των Αθηνών. Διορισμός γίνεται μόνο στις θέσεις που δεν θα καλυφθούν με μετάταξη. Η επιλογή των διοριζομένων ή μετατασσομένων γίνεται από το Συμβούλιο Διοίκησης. Για τη μετάταξη απαιτείται και γνώμη του υπηρεσιακού συμβουλίου της υπηρεσίας από την οποία ο υπάλληλος μετατάσσεται. Ο διορισμός των επιλεγομένων γίνεται με απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και η μετάταξη με απόφαση των ίδιων και του οικείου υπουργού. Αποκλείονται υποψήφιοι που έχουν υπερβεί, κατ’ αντιστοιχία των θέσεων του πρώτου εδαφίου, το 55ο και 50ό έτος της ηλικίας τους κατά την ημερομηνία της ανακοίνωσης.
3. Οι λοιπές θέσεις, κατά την πρώτη εφαρμογή του παρόντος, καλύπτονται με τη διαδικασία και τις προϋποθέσεις της παρ. 2, εφόσον οι διοριζόμενοι ή μετατασσόμενοι δεν έχουν υπερβεί το 45ο έτος της ηλικίας τους.
4. Το υπηρεσιακό συμβούλιο των υπαλλήλων του Σ.Φ.Δ. συγκροτείται με απόφαση του Προέδρου από έναν Πρόεδρο Φορολογικών Διαιτητών, δύο (2) Φορολογικούς Διαιτητές και δύο (2) αιρετούς εκπροσώπους των υπαλλήλων.
5. Οι υπάλληλοι που αποσπώνται στη Γραμματεία του Σ.Φ.Δ. λαμβάνουν από την υπηρεσία τους το μισθό και όλες τις τυχόν επιπλέον τακτικές αποδοχές, καθώς και τα είδους τακτικά επιδόματα, όπως και τις ειδικές αποζημιώσεις και απολαβές της οργανικής τους θέσης, που καταβάλλονται παγίως και που εξακολουθούν να καταβάλλονται από την υπηρεσία από την οποία αποσπώνται, με την επιφύλαξη των διατάξεων της παρ. 2 του άρθρου 10 του Ν. 2470/1997.
6. Κατά τα λοιπά στους υπαλλήλους του Σ.Φ.Δ. εφαρμόζονται οι διατάξεις για τους δικαστικούς υπαλλήλους, όπως ισχύουν κάθε φορά.
7. Η οργάνωση της Γραμματείας, οι αρμοδιότητες μεταξύ των υπηρεσιών της, ο αριθμός των θέσεων προσωπικού, η κατανομή τους σε κλάδους και ειδικότητες και κάθε αναγκαία λεπτομέρεια καθορίζεται με προεδρικό διάταγμα, που εκδίδεται με πρόταση των Υπουργών Εσωτερικών, Αποκέντρωσης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, Οικονομικών και Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.