1. Η ΕΠΑΕ διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο και τον Διοικητή της ΕΠΑΕ.
2. Το ΔΣ είναι επταμελές και μετέχουν σε αυτό με τριετή θητεία:
α) ένας τέως δικαστικός λειτουργός με εμπειρία στο δίκαιο ανηλίκων, ως Πρόεδρος,
β) ένα μέλος Διδακτικού και Ερευνητικού Προσωπικού των Ανωτάτων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων της χώρας, με ειδίκευση σε θέματα πρόληψης και αντιμετώπισης της θυματοποίησης και της παραβατικότητας των ανηλίκων,
γ) ένας δικηγόρος κατά προτίμηση με ειδίκευση σε ζητήματα ανηλίκων,
δ) ένας παιδοψυχίατρος ή ψυχολόγος με εμπειρία σε θέματα παιδιών και εφήβων,
ε) ένας εκπρόσωπος των εργαζομένων της ΕΠΑΕ, ο οποίος εκλέγεται από το σύνολο του υπηρετούντος προσωπικού της, για την πρώτη τριετία, με μυστική ψηφοφορία δια αλληλογραφίας, από τριμελή εφορευτική επιτροπή που ορίζεται με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης. Μετά την πρώτη θητεία ισχύουν οι διατάξεις περί εκπροσώπησης των εργαζομένων του δημόσιου τομέα. Μέχρι την ολοκλήρωση της ως άνω διαδικασίας, ορίζεται μέλος του προσωπικού της ΕΠΑΕ από τον Υπουργό Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων,
στ) ένας εγκληµατολόγος ή κοινωνιολόγος με εμπειρία σε θέματα πρόληψης και αντιμετώπισης της θυματοποίησης και της παραβατικότητας των ανηλίκων,
ζ) ένας παιδοψυχίατρος ή ψυχολόγος, ή κοινωνικός λειτουργός υπάλληλος του Αυτοτελούς Γραφείου Ανηλίκων Θυμάτων ή επιμελητής ανηλίκων της Υπηρεσίας Επιμελητών Ανηλίκων και Κοινωνικής Αρωγής Αθήνας ή Πειραιά.
Όλα τα μέλη διορίζονται με τους νόμιμους αναπληρωτές τους.
3. Τα αναπληρωματικά μέλη μπορούν να μετέχουν στις συνεδριάσεις του Συμβουλίου χωρίς ψήφο, εκτός αν απουσιάζουν τα αντίστοιχα τακτικά μέλη.
4. Τα μέλη του ΔΣ της ΕΠΑΕ διορίζονται με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
5. Το ΔΣ, στην πρώτη μετά τη συγκρότησή του συνεδρίαση, εκλέγει από τα μέλη του αντιπρόεδρο, γραμματέα και ταμία.
6. Το ΔΣ συνέρχεται αφενός μεν σε τακτική συνεδρίαση κάθε μήνα, αφ’ ετέρου δε σε έκτακτη συνεδρίαση, ύστερα από πρόσκληση του Προέδρου ή αν το ζητήσουν τουλάχιστον τρία τακτικά μέλη. Στις συνεδριάσεις του ΔΣ δύνανται να καλούνται οι Διευθυντές ή εργαζόμενοι των ΜΜΝ.
7. Το ΔΣ συνεδριάζει εντός του κανονικού ωραρίου εργασίας ή σε χρόνο που καλύπτεται από υπερωριακή απασχόληση. Στα μέλη του δύνανται να καταβάλλεται αποζημίωση σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις για τις αμοιβές των συλλογικών οργάνων, με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων. Για τις μετακινήσεις των μελών του Συμβουλίου ισχύουν οι διατάξεις για τις δαπάνες μετακινούμενων του ν. 4336/2015, όπως ισχύει.
8. Στις συνεδριάσεις του ΔΣ δικαιούται να παρίσταται, χωρίς δικαίωμα ψήφου, ο Προϊστάμενος της Διεύθυνσης Αντεγκληματικής Πολιτικής του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων ή ο Προϊστάμενος του Τμήματος Προστασίας Ανηλίκων και Εναλλακτικών ποινών και μέτρων.
9. Το ΔΣ αποφασίζει για κάθε θέμα που αφορά την ΕΠΑΕ, συντάσσει τον ετήσιο προϋπολογισμό και απολογισμό αυτής και τους υποβάλλει προς έγκριση στην αρμόδια Διεύθυνση Οικονομικής Διαχείρισης του ΥΔΔΑΔ. Υποβάλλει, επίσης, στο Κ.Ε.Σ.Α.Θ.Ε.Α. καθώς και στο Τμήμα Προστασίας Ανηλίκων και Εναλλακτικών ποινών και μέτρων, εντός του πρώτου τετραμήνου κάθε έτους, αναλυτική έκθεση πεπραγμένων του προηγουμένου έτους στην οποία επισυνάπτονται οι ετήσιες εκθέσεις των ΜΜΝ.
10. Tο ΔΣ μπορεί να εξουσιοδοτεί τον Πρόεδρο ή άλλο μέλος αυτού να προβαίνει σε συγκεκριμένες ενέργειες, όπως να υπογράφει συμβάσεις, έγγραφα, εντάλματα πληρωμής, εκτός από τον προϋπολογισμό και απολογισμό.
11. Το ΔΣ μπορεί να επικουρείται από εθελοντές, κατ’ ανάλογη εφαρμογή των οριζομένων στο άρ. 18 του παρόντος νόμου, οι οποίοι συνδράμουν στη διοργάνωση δράσεων ευαισθητοποίησης του κοινού, επιστημονικών εκδηλώσεων ή συνεδρίων, δράσεων προσέλκυσης πόρων ή δωρεών καθώς και κάθε άλλη δράση που συμβάλλει στη υποστήριξη του έργου της ΕΠΑΕ. Οι εθελοντές μπορεί να δραστηριοποιούνται τόσο στην έδρα της ΕΠΑΕ όσο και στα παραρτήματα αυτής και μπορούν να παρέχουν εξειδικευμένο έργο όπως ιδίως υποβοήθηση της εκπαίδευσης ή κατάρτισης, οργάνωση πολιτιστικών ή ψυχαγωγικών δραστηριοτήτων και παροχή νομικής βοήθειας. Πριν την ανάληψη των καθηκόντων τους οι εθελοντές ενημερώνονται και εκπαιδεύονται με ευθύνη του προσωπικού της ΕΠΑΕ.
12. Εκτός από τις ανωτέρω αρμοδιότητες, το Δ.Σ. έχει, επιπλέον, και κάθε άλλη που ρητώς του ανατίθεται από τις ισχύουσες διατάξεις.
13. Ο Πρόεδρος του ΔΣ εκπροσωπεί την ΕΠΑΕ ενώπιον των δικαστηρίων και σε κάθε δικαστική ή διοικητική αρχή. Συγκαλεί και προεδρεύει στις συνεδριάσεις του ΔΣ και καθορίζει τα θέματα της ημερήσιας διάταξης. Ο Αντιπρόεδρος αναπληρώνει τον Πρόεδρο όταν αυτός απουσιάζει ή κωλύεται. Ο Γραμματέας υπογράφει μαζί με τον Πρόεδρο τα έγγραφα της ΕΠΑΕ και είναι υπεύθυνος για την ορθή τήρηση και την φύλαξη των πρακτικών των συνεδριάσεων του ΔΣ.
14. Ο Πρόεδρος του ΔΣ αξιολογεί τους Προϊσταμένους των οργανικών μονάδων των ΜΜΝ, σύμφωνα με τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις.
15. Με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων ο Πρόεδρος και τα μέλη του ΔΣ μπορεί να αντικαθίστανται σε περίπτωση διαπίστωσης αδυναμίας άσκησης των καθηκόντων τους, δυσλειτουργίας ή αναποτελεσματικότητας του ΔΣ.
16. Κατά τα λοιπά εφαρμόζονται οι σχετικές διατάξεις του Κώδικα Διοικητικής Διαδικασίας, που κυρώθηκε με το άρθρο πρώτο του ν. 2690/1999 (Α’ 45).