1. Με την Υπουργική Απόφαση ίδρυσης της παρ. 1 του άρ. 4 ή των κοινών Υπουργικών Αποφάσεων ίδρυσης της παρ. 3 του άρ. 4 του παρόντος, εφόσον πρόκειται για ΕΠΑ που μετατρέπονται σε ΜΜΝ, πραγματοποιείται και η συγχώνευσή της κάθε ΕΠΑ στην ΕΠΑΕ ως αποκεντρωμένης μονάδας αυτής σύμφωνα με τις διατάξεις του παρόντος. Από τη δημοσίευση της ως άνω απόφασης λήγει αυτοδικαίως η θητεία των μελών του Διοικητικό Συμβούλιο της ΕΠΑ. Τυχόν λεπτομέρειες για την εφαρμογή της σταδιακής μετατροπής των ΕΠΑ σε ΜΜΝ και της συγχώνευσης αυτών στην ΕΠΑΕ μπορεί να ρυθμίζονται στην Υπουργική απόφαση της παρ. 3 του άρ. 54 του παρόντος.
2. Οι ΕΠΑ Αθήνας, Περαιά, Ηρακλείου, Θεσσαλονίκης, Λάρισας, Θράκης και Κοζάνης συνεχίζουν τη λειτουργία τους, μέχρι την έκδοση των κανονιστικών πράξεων του άρ. 4 του παρόντος και την εξασφάλιση των αναγκαίων όρων και προϋποθέσεων λειτουργίας των ΜΜΝ και της ΕΠΑΕ αναφορικά με την πλήρωση των οργανικών θέσεων προσωπικού.
3. Οι ΕΠΑ Ιωαννίνων, Λαμίας, Ναυπλίου, Πατρών και Δωδεκανήσου, των οποίων τα ΔΣ δεν είναι συγκροτημένα κατά το χρόνο ίδρυσης της ΕΠΑΕ, συγχωνεύονται σε αυτήν με την έκδοση σχετικής απόφασης του Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, με τις διατάξεις του προηγούμενου άρθρου, χωρίς μετατροπή σε ΜΜΝ.
4. Οι ΕΠΑ Κρήτης (με έδρα τα Χανιά), Δυτικής Στερεάς Ελλάδας (με έδρα το Αγρίνιο), Καλαμάτας, Κέρκυρας, Αιγαίου (με έδρα τη Σύρο), Εύβοιας (με έδρα τη Χαλκίδα) και Βορείου Αιγαίου (με έδρα τη Μυτιλήνη), των οποίων τα ΔΣ είναι συγκροτημένα, παραμένουν σε ισχύ μέχρι τη λήξη της θητείας τους, με σκοπό να διερευνήσουν τις υπάρχουσες ανάγκες και δυνατότητες προκειμένου να δημιουργηθούν κατάλληλες ΜΜΝ στην περιοχή αρμοδιότητάς τους. Με τη λήξη της θητείας τους, εφόσον δεν υπάρχουν οι προϋποθέσεις για την ίδρυση ΜΜΝ σύμφωνα με τις διατάξεις της παρ. 1 του άρ. 4 του παρόντος, οι εν λόγω ΕΠΑ συγχωνεύονται στην ΕΠΑΕ με την διαδικασία της προηγούμενης παραγράφου.