Η εσωτερική λειτουργία του Γραφείου Ευρωπαίων Εντεταλμένων Εισαγγελέων δύναται να καθορίζεται από κανονισμό ο οποίος καταρτίζεται από τους Ευρωπαίους Εντεταλμένους Εισαγγελείς σε ολομέλεια. Ο κανονισμός εσωτερικής λειτουργίας υποβάλλεται στον Ευρωπαίο Γενικό Εισαγγελέα για ενημέρωση και ακολούθως αναρτάται στην ιστοσελίδα του Γραφείου Ευρωπαίων Εντεταλμένων Εισαγγελέων. Κατά τον ίδιο τρόπο συμπληρώνεται, τροποποιείται και αντικαθίσταται ο ανωτέρω Κανονισμός. Αντικείμενο του εν λόγω κανονισμού είναι ιδίως η πρόβλεψη διαβίβασης ετησίως στον Εισαγγελέα του Αρείου Πάγου γενικών στατιστικών στοιχείων, τα οποία απεικονίζουν τον συνολικό αριθμό υποθέσεων κατ’ αδίκημα και τον συνολικό αριθμό κατ’ αδίκημα: α) των δικογραφιών που αρχειοθετήθηκαν και β) των ποινικών διώξεων που ασκήθηκαν, έπαυσαν, κηρύχθηκαν απαράδεκτες, κατέληξαν σε αθώωση, οδήγησαν σε καταδίκη ή εκκρεμούν.