Η κατά τόπον αρμοδιότητα των Ευρωπαίων Εντεταλμένων Εισαγγελέων εκτείνεται σε όλη την επικράτεια. Για τη διενέργεια κύριας ανάκρισης παραγγέλλεται αποκλειστικά ο αρμόδιος ανακριτής Αθηνών, που ορίζεται από την Ολομέλεια του Πρωτοδικείου Αθηνών. Οι ποινικές υποθέσεις παραπέμπονται και εισάγονται στα αρμόδια κατά περίπτωση δικαστικά συμβούλια και δικαστήρια πρώτου και δεύτερου βαθμού της Αθήνας και στον Άρειο Πάγο.