Το Διοικητικό Συμβούλιο είναι το ανώτατο όργανο διοίκησης, το οποίο έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Ορίζει το σήμα, τη σφραγίδα, τη μορφή της ιστοσελίδας και το ψηφιακό αποτύπωμα δεδομένων της ΕΣΔι,
β) χαράσσει τις γενικές κατευθύνσεις της κατάρτισης και της επιμόρφωσης και εποπτεύει την εφαρμογή τους,
γ) εγκρίνει τα προγράμματα κατάρτισης όλων των κατευθύνσεων που περιλαμβάνουν τα διδασκόμενα μαθήματα, τους διδάσκοντες, τις προγραμματισμένες ημερίδες και τις επισκέψεις σε ημεδαπά ή αλλοδαπά δικαστήρια και εισαγγελίες, καθώς και σε άλλους δημόσιους ή ιδιωτικούς φορείς,
δ) εγκρίνει τα προγράμματα επιμόρφωσης είτε αφορούν σε κάθε κατεύθυνση ξεχωριστά είτε είναι κοινά περισσοτέρων κατευθύνσεων,
ε) εγκρίνει τα επιμορφωτικά προγράμματα που συνδέονται με τις διεθνείς σχέσεις της Σχολής,
στ) υιοθετεί τον ετήσιο προϋπολογισμό και οποιαδήποτε τροποποίησή του, τον ισολογισμό και τον απολογισμό της Σχολής,
ζ) δια του Γενικού Διευθυντή υποβάλλει, μετά από το τέλος κάθε ημερολογιακού έτους, αναλυτική έκθεση για τις δραστηριότητες και τις προοπτικές της Σχολής στον Υπουργό Δικαιοσύνης, ο οποίος την καταθέτει στη Βουλή,
η) εξουσιοδοτεί τον Γενικό Διευθυντή για σημειακές τροποποιήσεις των προγραμμάτων κατάρτισης και επιμόρφωσης ή, ύστερα από εισήγηση του Γενικού Διευθυντή, μπορεί να εξουσιοδοτήσει άλλα όργανα της Σχολής, προκειμένου να ασκήσουν είτε συγκεκριμένες αρμοδιότητες του Γενικού Διευθυντή είτε να υπογράφουν με εντολή του κάθε είδους πράξεις, έγγραφα ή αποφάσεις, οι οποίες ανήκουν στην αρμοδιότητά του. Οι αποφάσεις αυτές του Διοικητικού Συμβουλίου αναρτώνται στη Διαύγεια και επί είκοσι (20) ημέρες στην ιστοσελίδα της Σχολής.
Θ) ορίζει, ύστερα από πρόταση του Γενικού Διευθυντή, τον γραμματέα του με τον νόμιμο αναπληρωτή του από υπαλλήλους της Σχολής για μία μόνο θητεία τριών (3) ετών,
ι) αποφασίζει επί ενστάσεων κατά αποφάσεων του οικείου Συμβουλίου Σπουδών που αφορούν είτε στη διαγραφή εκπαιδευομένων από τη Σχολή λόγω υπέρβασης του αριθμού των αδικαιολόγητων απουσιών είτε στην επανάληψη του πρώτου σταδίου κατάρτισης από εκπαιδευόμενους λόγω υπέρβασης του αριθμού των δικαιολογημένων απουσιών,
ια) αποφασίζει επί έγγραφης διαφωνίας δύο (2) μελών του οικείου Συμβουλίου Σπουδών της Σχολής σε απόφαση του τελευταίου, εφόσον εισαχθεί το θέμα προς συζήτηση από τον Γενικό Διευθυντή της Σχολής,
ιβ) αποφασίζει επί ενστάσεως διδάσκοντος κατά απόφασης του οικείου Συμβουλίου Σπουδών περί διαγραφής του από τον πίνακα διδασκόντων, ανάκλησης της ανάθεσης διδασκαλίας του και αντικατάστασής του από άλλον διδάσκοντα,
ιγ) αποφασίζει για τον καθορισμό των αρμοδιοτήτων των οργανικών μονάδων της Σχολής, καθώς και για τη σύσταση, αναδιάρθρωση, συγχώνευση, ή κατάργηση κλάδων και θέσεων κάθε βαθμού ή ειδικότητας μόνιμου ή με οποιαδήποτε σχέση προσωπικού και τον προσδιορισμό ειδικών τυπικών προσόντων κάθε κλάδου ή ειδικότητας,
ιδ) εκδίδει αιτιολογημένη απόφαση για την απόσπαση υπαλλήλων στην Εθνική Σχολή Δικαστικών Λειτουργών ή για την ανανέωση ή για τη διακοπή της απόσπασής τους,
ιε) εγκρίνει το ειδικό πρόγραμμα επιμόρφωσης των εκπαιδευτών και
ιστ) εισηγείται στους Υπουργούς Οικονομικών και Δικαιοσύνης την έκδοση κοινής απόφασης, με την οποία καθορίζονται οι κάθε είδους αποζημιώσεις και αμοιβές, δαπάνες μετακίνησης, διαμονής, υπερωριακής εργασίας και γενικώς κάθε δαπάνη σχετική με την κατάρτιση των εκπαιδευομένων και τη συνεχιζόμενη εκπαίδευση των εν ενεργεία δικαστικών λειτουργών, στα πρόσωπα της παρ. 1 του άρθρου 52.