1. Με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, εκδίδεται Κανονισμός Λειτουργίας των Περιφερειακών Γραφείων Ενδικοφανών Προσφυγών, μετά από γνώμη των προέδρων των Ανεξαρτήτων Διοικητικών Επιτροπών, όπου ρυθμίζονται επί μέρους ζητήματα εσωτερικής διάρθρωσης και λειτουργίας των Περιφερειακών αυτών Γραφείων, όπως ζητήματα σχετικά με τον έχοντα την ευθύνη της εύρυθμης λειτουργίας και του συντονισμού των εργασιών των Επιτροπών του ίδιου Περιφερειακού Γραφείου και τις ειδικότερες αρμοδιότητες αυτού, με τη συγκρότηση Ολομέλειας των Επιτροπών του ίδιου Περιφερειακού Γραφείου, με τον τόπο, τον τρόπο και το χρόνο συνεδρίασης των Επιτροπών, με τον τρόπο λήψεως των αποφάσεων και τήρησης των πρακτικών, με τη δυνατότητα μεταβολής της συνθέσεως των Επιτροπών, ανάλογα με τις υπηρεσιακές ανάγκες, με τη συγκρότηση τμημάτων διακοπών, με τη χρήση υπηρεσιακής σφραγίδας, με την τήρηση βιβλίων και τη χρησιμοποίηση εντύπων και κάθε άλλη αναγκαία σχετική λεπτομέρεια.
2. Με προεδρικό διάταγμα που εκδίδεται με πρόταση των Υπουργών Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και Οικονομικών, μπορεί και κατά τροποποίηση των διατάξεων του παρόντος νόμου να συγχωνεύονται ή να καταργούνται υφιστάμενα Περιφερειακά Γραφεία ή Ανεξάρτητες Διοικητικές Επιτροπές, να συνιστώνται νέα Περιφερειακά Γραφεία ή Ανεξάρτητες Διοικητικές Επιτροπές, να διευρύνονται ή να περιορίζονται οι αρμοδιότητές τους, ως προς τις υπαγόμενες στο σύστημα της υποχρεωτικής ενδικοφανούς προσφυγής, κατηγορίες υποθέσεων, να αυξάνονται ή να μειώνονται οι οργανικές θέσεις του προσωπικού και να ρυθμίζονται θέματα σχετικά με την οργάνωση, τη λειτουργία, την έδρα, τις επί μέρους αρμοδιότητες του Κεντρικού Γραφείου και των Περιφερειακών Γραφείων Ενδικοφανών Προσφυγών, τη διαδικασία εξετάσεως των ενδικοφανών προσφυγών και τις προϋποθέσεις ασκήσεως αυτών, τις διακοπές, τις άδειες, την επιθεώρηση των προέδρων και των μελών των Ανεξάρτητων Διοικητικών Επιτροπών, καθώς και τις προϋποθέσεις και τη διαδικασία ανανέωσης ή παράτασης της θητείας αυτών.