- Το Κεντρικό Γραφείο της Αυτοτελούς Υπηρεσίας Ενδικοφανών Προσφυγών, λειτουργεί σε επίπεδο διεύθυνσης, προϊστάμενος της οποίας επιλέγεται υπάλληλος της κατηγορίας ΠΕ των κλάδων ΠΕ Διοικητικού ή ΠΕ Διοικητικού-Οικονομικού ή ΠΕ Οικονομικού, που παρακολουθεί τη δράση των Περιφερειακών Γραφείων Ενδικοφανών Προσφυγών και εξασφαλίζει τις αναγκαίες προϋποθέσεις για την άσκηση του έργου τους. Ειδικότερα, μεριμνά για τη διευκόλυνση του έργου των Περιφερειακών Γραφείων και των Ανεξαρτήτων Διοικητικών Επιτροπών που λειτουργούν σ΄ αυτά, παρέχοντας την αναγκαία διοικητική υποστήριξη για την εύρυθμη λειτουργία τους και παρακολουθεί την υλοποίηση των στόχων της Αυτοτελούς Υπηρεσίας Ενδικοφανών Προσφυγών.
- Το Κεντρικό Γραφείο της Αυτοτελούς Υπηρεσίας Ενδικοφανών Προσφυγών διαρθρώνεται στα εξής Τμήματα:
α. Τμήμα Στρατηγικού Σχεδιασμού, Νομοθετικού Έργου και Συντονισμού, το οποίο επεξεργάζεται και υποβάλλει προτάσεις για τις αναγκαίες τροποποιήσεις και βελτιώσεις του συστήματος της υποχρεωτικής ενδικοφανούς προσφυγής, καταρτίζει σχέδια νομοθετικών και εν γένει κανονιστικών κειμένων και εγκυκλίων, συντονίζει τη λειτουργία των Περιφερειακών Γραφείων Ενδικοφανών Προσφυγών, συλλέγει, επεξεργάζεται και τηρεί στατιστικά δεδομένα από τα Περιφερειακά Γραφεία και οργανώνει και παρακολουθεί το σύστημα μηχανοργάνωσης της Αυτοτελούς Υπηρεσίας Ενδικοφανών Προσφυγών.
β. Τμήμα Ανθρώπινου Δυναμικού και Διασφάλισης Ποιότητας, το οποίο διαχειρίζεται τα θέματα προσωπικού της Αυτοτελούς Υπηρεσίας Ενδικοφανών Προσφυγών, οργανώνει την εκπαίδευση και επιμόρφωση του προσωπικού της Υπηρεσίας αυτής και μεριμνά για τη διασφάλιση της ποιότητας των διαδικασιών του συστήματος, συντάσσοντας σχετική έκθεση το μήνα Δεκέμβριο κάθε έτους, προς τον Υπουργό Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
- Για τη στελέχωση του Κεντρικού Γραφείου της Αυτοτελούς Υπηρεσίας Ενδικοφανών Προσφυγών, συνιστώνται:
α. πέντε (5) θέσεις ΠΕ Διοικητικού-Οικονομικού,
β. τρεις (3) θέσεις ΠΕ ή ΤΕ Πληροφορικής,
οι οποίες πληρούνται από πρόσωπα που προσλαμβάνονται ως μόνιμοι ή με σύμβαση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις, ή από υπαλλήλους του Δημοσίου ή του ευρύτερου Δημοσίου Τομέα, που μετατάσσονται ή μεταφέρονται ή αποσπώνται στην εν λόγω Αυτοτελή Υπηρεσία (άρθρο 2 ν. 3861/2010 – ΦΕΚ Α΄ 112).