Ο Πρόεδρος της ΑΕΠΠ έχει την ευθύνη λειτουργίας της σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις και ασκεί όλες τις προς τούτο αρμοδιότητες. Ενδεικτικά:
α) Εκπροσωπεί την ΑΕΠΠ δικαστικώς και εξωδίκως, ενώπιον των δικαστηρίων, κάθε άλλης δημόσιας αρχής και τρίτων. Ο Πρόεδρος της ΑΕΠΠ μπορεί να αναθέσει κατά περίπτωση την εκπροσώπησή της σε άλλο μέλος της, στον Νομικό Σύμβουλο της Αρχής ή σε μέλος του ειδικού επιστημονικού προσωπικού της,
β) Συντονίζει και κατευθύνει τη λειτουργία της ΑΕΠΠ και των οργανικών μονάδων αυτής και ασκεί την πειθαρχική εξουσία επί του προσωπικού της ΑΕΠΠ ως πειθαρχικός προϊστάμενος αυτού,
γ) Μεριμνά για την κατάρτιση του προϋπολογισμού, του απολογισμού και του ισολογισμού της ΑΕΠΠ, τη διαχείριση των οικονομικών της και τη διάθεση των πιστώσεων, σύμφωνα με τις διατάξεις των Κανονισμών Λειτουργίας και Οικονομικής Διαχείρισης και της κείμενης νομοθεσίας,
δ) Ορίζει τα θέματα των συνεδριάσεων της ΑΕΠΠ σε Ολομέλεια και
ε) Εκδίδει τις απαραίτητες για τη στελέχωση και τον εξοπλισμό της ΑΕΠΠ πράξεις καθώς και κάθε άλλη πράξη που είναι αναγκαία για τη λειτουργία της μέχρι τη συγκρότησή της.