1. Η οικονομική αυτοτέλεια της ΑΕΠΠ εξασφαλίζεται με τη δυνατότητα να καλύπτει, με ίδια μέσα, τις δαπάνες λειτουργίας της και αμοιβής των μελών και του προσωπικού της. Προς τούτο, έχει ίδια έσοδα και ίδιο προϋπολογισμό, ο οποίος προσαρτάται στο Γε¬νικό Προϋπολογισμό του Κράτους και ο οποίος τροφοδοτείται από την καταβολή κράτησης της παραγράφου 3.
2. Τα θέματα οικονομικής διαχείρισης ρυθμίζονται με τον ειδικό Κανονισμό Οικονομικής Διαχείρισης που εκδίδεται με προεδρικό διάταγμα μετά από πρόταση των Υπουργών Οικονομικών και Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων .
Μέχρι την έκδοση του εν λόγω προεδρικού διατάγμα¬τος, η μισθοδοσία του προσωπικού και οι λειτουργικές δαπάνες της ΑΕΠΠ βαρύνουν τις πιστώσεις του προϋπολογισμού του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων. Το αυτό ισχύει και σε περίπτωση που τα έσοδα από την κράτηση ή από άλλες τυχόν πηγές δεν είναι αρκετά να καλύψουν τις οικονομικές ανάγκες της ΑΕΠΠ.
3. Για την κάλυψη των λειτουργικών αναγκών της ΑΕΠΠ, επιβάλλεται κράτηση ύψους 0,10% επί όλων των συμβάσεων που υπάγονται στον παρόντα νόμο, ανεξάρτητα από την πηγή προέλευσης χρηματοδότησης, οι οποίες συνάπτονται μετά την έναρξη ισχύος της κοινής υπουργικής απόφασης του εδαφίου δ΄ της παραγράφου αυτής. Η κράτηση αυτή υπολογίζεται επί της αξίας κάθε πληρωμής προ φόρων και κρατήσεων της αρχικής, καθώς και κάθε συμπληρωματικής σύμβασης.
Το ποσό της κράτησης παρακρατείται από την αναθέτουσα αρχή στο όνομα και για λογαριασμό της ΑΕΠΠ και κατατίθεται σε ειδικό τραπεζικό λογαριασμό, η διαχείριση του οποίου γίνεται από την ΑΕΠΠ, σύμφωνα με όσα ορίζονται στον ειδικό Κανονισμό Οικονομικής Διαχείρισης. Με απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων ρυθμίζονται θέματα σχετικά με το χρόνο, τον τρόπο και τη διαδικασία κράτησης των ως άνω χρηματικών ποσών, καθώς και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια για την εφαρμογή της κράτησης. Τα έσοδα που προκύπτουν κατά τον ανωτέρω τρόπο κατά το έτος 2016 μπορεί να μεταφέρονται και να αποτελούν έσοδα της ΑΕΠΠ το έτος 2017, με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
4. Αν από την οικονομική διαχείριση της ΑΕΠΠ, στο τέλος κάθε οικονομικού έτους, προκύπτει θετικό καθαρό αποτέλεσμα χρήσης, ποσοστό του οικονομικού αυτού αποτελέσματος έως ογδόντα τοις εκατό (80%) διατίθεται, με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, ως έσοδο του Κρατικού Προϋπολογισμού. Η ανωτέρω διάταξη ισχύει από το οικονομικό έτος 2018 και εφεξής.