1. Το Ψ.Κ.Κ. ως Διεύθυνση αποτελείται από τρία Τμήματα (Διοίκησης – Οικονομικού, Φύλαξης και Κοινωνικής Εργασίας), σύμφωνα με το άρθρο 24 του Π.Δ. 101/2014.
2. Το Ψ.Κ.Κ., ως προς τη θεραπευτική λειτουργία του, διαρθρώνεται σε πέντε (5) υπομονάδες:
(α) Οξέων – Αυξημένης Φροντίδας, για την οποία προβλέπεται αριθμητικά αυξημένο και κλινικά ειδικά εκπαιδευμένο για την αντιμετώπιση των οξέων περιστατικών προσωπικό, σύμφωνα με τις αρχές της κοινοτικής φροντίδας.
(β) Βραχείας/Μέσης Νοσηλείας, με ταυτόχρονη ανάπτυξη προγραμμάτων επανένταξης.
(γ) Μακράς Νοσηλείας, η οποία συμπεριλαμβάνει ειδικά προγράμματα αποκατάστασης/επανένταξης.
(δ) Νοσηλείας γυναικών, δυναμικότητας 10 κλινών, που θα λειτουργεί σε ειδικά διαμορφωμένους χώρους του Ψ.Κ.Κ. ή του Τμήματος Γυναικών του Καταστήματος Κράτησης Κορυδαλλού. Με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων καθορίζεται ο χώρος λειτουργίας του παραρτήματος Γυναικών και κάθε συναφής λεπτομέρεια.
(ε) Παρατηρητηρίου Μεταθεραπευτικής Παρακολούθησης, με σκοπό την εποπτεία της μεταθεραπευτικής πορείας και παραπομπή σε κατάλληλες υπηρεσίες των ασθενών – κρατουμένων που αποφυλακίζονται ή μετάγονται σε άλλα καταστήματα κράτησης, το συντονισμό της συνεχούς φροντίδας σε συνεργασία με τους τομείς ψυχικής υγείας και τη διασύνδεση με υπηρεσίες στην κοινότητα για τους κρατουμένους που αποφυλακίζονται.
3. Το διοικητικό προσωπικό, το προσωπικό κλάδου Φύλαξης, το προσωπικό κλάδου Υγείας Πρόνοιας-Κοινωνικής Εργασίας και το βοηθητικό προσωπικό υπάγεται στο Υπουργείο Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων. Το ιατρικό και νοσηλευτικό προσωπικό καθώς και οι φαρμακοποιοί, οι ψυχολόγοι και οι εργοθεραπευτές υπάγονται στο Υπουργείο Υγείας.
Με δεδομένα την παντελή έλλειψη μέριμνας των ασθενών μετά την έκτιση της ποινής τους, καθώς και την εγκατάλειψη «αζήτητων» ανθρώπων που παραμένουν στο ΨΚΚ (μη ασκώντας καν ένδικα μέσα), υπάρχει ανάγκη πρόβλεψης μιας ανοιχτής δομής, εξωτερικής του ψυχιατρείου για την αποϊδρυματοποίηση, επαγγελματική κατάρτιση και κοινωνική επανένταξη ασθενών και κρατουμένων. Δεδομένου ότι υπάρχουν αναξιοποίητα κτίρια πλέον (και μετά τη συγχώνευση νοσηλευτικών ιδρυμάτων), είναι απαραίτητη η πρόβλεψη λειτουργίας δομών αυτού του τύπου.
Επίσης είναι σημαντική η πρόβλεψη αλληλεπίδραση των κρατουμένων του ΨΚΚ με την κοινωνία, μέσα από συγκεκριμένες δράσεις από την κοινωνία προς τα έσω και από τα έσω προς τα έξω. Οι δράσεις μπορεί να είναι πολιστικές ή με όρους εργασίας.
Τα επισκεπτήρια πρέπει να γίνονται με ανθρώπινους όρους και όχι πίσω από τζάμι –μέσω τηλεφώνων.