1. Το Ψ.Κ.Κ. ως Διεύθυνση αποτελείται από τρία Τμήματα (Διοίκησης – Οικονομικού, Φύλαξης και Κοινωνικής Εργασίας), σύμφωνα με το άρθρο 24 του Π.Δ. 101/2014.
2. Το Ψ.Κ.Κ., ως προς τη θεραπευτική λειτουργία του, διαρθρώνεται σε πέντε (5) υπομονάδες:
(α) Οξέων – Αυξημένης Φροντίδας, για την οποία προβλέπεται αριθμητικά αυξημένο και κλινικά ειδικά εκπαιδευμένο για την αντιμετώπιση των οξέων περιστατικών προσωπικό, σύμφωνα με τις αρχές της κοινοτικής φροντίδας.
(β) Βραχείας/Μέσης Νοσηλείας, με ταυτόχρονη ανάπτυξη προγραμμάτων επανένταξης.
(γ) Μακράς Νοσηλείας, η οποία συμπεριλαμβάνει ειδικά προγράμματα αποκατάστασης/επανένταξης.
(δ) Νοσηλείας γυναικών, δυναμικότητας 10 κλινών, που θα λειτουργεί σε ειδικά διαμορφωμένους χώρους του Ψ.Κ.Κ. ή του Τμήματος Γυναικών του Καταστήματος Κράτησης Κορυδαλλού. Με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων καθορίζεται ο χώρος λειτουργίας του παραρτήματος Γυναικών και κάθε συναφής λεπτομέρεια.
(ε) Παρατηρητηρίου Μεταθεραπευτικής Παρακολούθησης, με σκοπό την εποπτεία της μεταθεραπευτικής πορείας και παραπομπή σε κατάλληλες υπηρεσίες των ασθενών – κρατουμένων που αποφυλακίζονται ή μετάγονται σε άλλα καταστήματα κράτησης, το συντονισμό της συνεχούς φροντίδας σε συνεργασία με τους τομείς ψυχικής υγείας και τη διασύνδεση με υπηρεσίες στην κοινότητα για τους κρατουμένους που αποφυλακίζονται.
3. Το διοικητικό προσωπικό, το προσωπικό κλάδου Φύλαξης, το προσωπικό κλάδου Υγείας Πρόνοιας-Κοινωνικής Εργασίας και το βοηθητικό προσωπικό υπάγεται στο Υπουργείο Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων. Το ιατρικό και νοσηλευτικό προσωπικό καθώς και οι φαρμακοποιοί, οι ψυχολόγοι και οι εργοθεραπευτές υπάγονται στο Υπουργείο Υγείας.