1. Όπου στον παρόντα κώδικα αναφέρεται Δικαστήριο Εκτέλεσης Ποινών, τις αντίστοιχες αρμοδιότητες ασκεί, μέχρι τη νομοθετική θέσπιση του οργάνου αυτού, το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών του τόπου έκτισης της ποινής. Όπου αναφέρεται αρμόδιος δικαστικός λειτουργός, τις αρμοδιότητες ασκεί ο εισαγγελέας που προβλέπεται από το άρθρο 572 Κώδικα Ποινικής Δικονομίας.
2. Από την έναρξη ισχύος του παρόντος καταργούνται:
α) ο Ν. 2776/1999,
β) τα άρθρα 1-5 του Ν. 3090/2002,
γ) το Π.Δ. 107/2001,
δ) κάθε άλλη γενική ή ειδική διάταξη που αντίκειται στις διατάξεις του παρόντος.
3. Τα μέλη του ιατρικού, νοσηλευτικού και λοιπού επιστημονικού προσωπικού των θεραπευτικών καταστημάτων κράτησης που έχουν ενταχθεί στο Εθνικό Σύστημα Υγείας κατ’ εφαρμογή των διατάξεων του άρθρου 13 του Ν. 3772/2009, επιλέγουν με σχετική δήλωσή τους προς το Υπουργείο Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων εντός δύο μηνών από την έναρξη ισχύος του παρόντος εάν θα εξακολουθήσουν να υπάγονται σε αυτό ή εάν θα υπαχθούν στις διατάξεις που ισχύουν για το αντίστοιχο προσωπικό του ΕΣΥ.
4. Τα καταστήματα κράτησης στα οποία θα εφαρμοστούν οι διατάξεις των άρθρων 22 παράγραφος 1, 33 παράγραφος 12, 35 παράγραφος 1 εδάφιο 4, 50 παράγραφος 8 και 51 παράγραφος 1 εδάφιο 2 και παράγραφος 8 του παρόντος και όλες οι αναγκαίες λεπτομέρειες ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.