Το Τμήμα Γραμματείας του Διοικητή, το οποίο επικουρεί αυτόν στο έργο του, έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α. Την επιμέλεια της αλληλογραφίας του, έντυπης και ηλεκτρονικής, και η τήρηση του προσωπικού του πρωτοκόλλου και αρχείου.
β. Την οργάνωση της επικοινωνίας του με τις υπηρεσιακές μονάδες του Ε.Φ.Κ.Α., το προσωπικό και τους Συλλόγους του, τους Δημόσιους και Ιδιωτικούς Φορείς και το κοινό γενικά.
γ. Το συντονισμό για το χειρισμό από τις αρμόδιες κατά περίπτωση υπηρεσίες κάθε θέματος που αφορά τον κοινοβουλευτικό έλεγχο ή τον έλεγχο από τις Ανεξάρτητες Αρχές.
δ. Τη μέριμνα για τη σωστή εκπλήρωση των εθιμοτυπικών του υποχρεώσεων.
ε. Τη συγκέντρωση των αναγκαίων στοιχείων προς ενημέρωσή του κατά την εν γένει εκπλήρωση των καθηκόντων του.
στ. Τη γραμματειακή υποστήριξη του Δ.Σ. του Ε.Φ.Κ.Α.
ζ. Την επιμέλεια για την προμήθεια και διαχείριση αναλώσιμων υλικών.