1. Μέχρι την έναρξη ισχύος του Οργανισμού του ο Ε.Φ.Κ.Α. διαρθρώνεται από τις ακόλουθες οργανικές μονάδες:
α. Τμήμα Γραμματείας Διοικητή.
β. Τμήμα Γραμματείας Υποδιοικητών.
γ. Διεύθυνση Ειδικού Προγράμματος.
δ. Διεύθυνση Εσωτερικού Ελέγχου και Ελέγχου Εσωτερικών Υποθέσεων.
ε. Γενική Διεύθυνση Εισφορών και Ελέγχων.
στ. Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών και Διοικητικής Υποστήριξης.
ζ. Γενική Διεύθυνση Απονομής Συντάξεων.
η. Γενική Διεύθυνση Καταβολής Παροχών Υγείας.
θ. Γενική Διεύθυνση Στρατηγικής και Ανάπτυξης.
ι. Γενική Διεύθυνση Πληροφορικής και Επικοινωνιών.
ια. Γενική Διεύθυνση Εξυπηρέτησης Ασφαλισμένων και Εργοδοτών.
2. Σε όλες τις ανωτέρω οργανικές μονάδες πλην των υπό στοιχεία α’, β’ και γ΄ λειτουργούν Αυτοτελή Τμήματα Διοικητικής Μέριμνας.
3. Επίσης, στον Ε.Φ.Κ.Α. λειτουργούν:
α. Γραφείο Νομικού Συμβούλου.
β. Γραφείο Επιτρόπου Ελεγκτικού Συνεδρίου.