1. Ο Διοικητής έχει τις εξής αρμοδιότητες:
α. Ο Διοικητής του Ε.Φ.Κ.Α., ως Πρόεδρος, συγκαλεί το Δ.Σ., καθορίζει τα θέματα της ημερήσιας διάταξης και διευθύνει τις συνεδριάσεις.
β. Ασκεί τη διοίκηση του Ε.Φ.Κ.Α. αποφασίζει για τα ζητήματα οργάνωσης και διαχείρισής του, διασφαλίζει και φέρει την ευθύνη για την αποτελεσματική και εύρυθμη λειτουργία του Φορέα και την επίτευξη του σκοπού του.
γ. Μεριμνά για την εφαρμογή του συνόλου της νομοθεσίας που διέπει τον Ε.Φ.Κ.Α.
δ. Ασκεί την εποπτεία του Κ.Ε.Α.Ο.
ε. Εισηγείται προς το Διοικητικό Συμβούλιο τα ζητήματα που απαιτούν νομοθετική ρύθμιση για τη βελτίωση της οργάνωσης και λειτουργίας του Ε.Φ.Κ.Α., καθώς και την τροποποίηση διατάξεων που αφορούν τον Ε.Φ.Κ.Α.
στ. Εκπροσωπεί τον Ε.Φ.Κ.Α δικαστικώς και εξωδίκως. Με απόφασή του μπορεί να αναθέτει την αρμοδιότητα εξώδικης εκπροσώπησης του Φορέα σε μέλος του Δ.Σ. ή δικηγόρο ή σε προϊστάμενο Γενικής Διεύθυνσης ή Διεύθυνσης του Φορέα.
ζ. Αναθέτει μετά από σχετική απόφαση του Δ.Σ. και έγκριση του αρμόδιου Υπουργού σε τρίτους, φυσικά ή νομικά πρόσωπα δημοσίου ή ιδιωτικού δικαίου ή ομάδες εργασίας, την εκπόνηση μελετών, την εκτέλεση έργων και την παροχή υπηρεσιών, σύμφωνα με τις διατάξεις της κείμενης νομοθεσίας, για την αντιμετώπιση θεμάτων του Ε.Φ.Κ.Α.
η. Υπογράφει κατόπιν εξουσιοδότησης του Δ.Σ. συμβάσεις που συνάπτει ο Ε.Φ.Κ.Α., όπως και άλλου περιεχομένου έγγραφα.
2. Ο Διοικητής μπορεί με απόφασή του να μεταβιβάζει στους Υποδιοικητές ή σε Προϊσταμένους των οργανικών μονάδων του Ε.Φ.Κ.Α. αρμοδιότητές του ή το δικαίωμα να υπογράφουν κατά περίπτωση «με εντολή Διοικητή».