Το πρόγραμμα «Κυψέλη» στοχεύει στη γνωστική, γλωσσική, κοινωνική, σωματική, κινητική και συναισθηματική ανάπτυξη των βρεφών και νηπίων μέσω ιδίως του παιχνιδιού και με σεβασμό στη μοναδικότητα και στον ατομικό ρυθμό ανάπτυξης κάθε βρέφους και νηπίου. Περιλαμβάνει αναλυτικό ωρολόγιο καθημερινό πρόγραμμα, όπου ορίζονται, ανά ηλικιακή ομάδα, τα διαστήματα για παιχνίδι, δομημένο και μη δομημένο, ομαδικό και ατομικό, σε εσωτερικό και εξωτερικό χώρο, για πολιτιστικά, τεχνολογικά και άλλου είδους εργαστήρια, για αφήγηση και παραμύθι, καθώς και για σίτιση και ανάπαυση βρεφών και νηπίων. Παράλληλα με το αναλυτικό πρόγραμμα, ορίζονται η στόχευση και το περιεχόμενο του προγράμματος και της κάθε δραστηριότητας και δίνονται οδηγίες και πρακτικές κατευθύνσεις στο προσωπικό των σταθμών για την υλοποίησή τους.