1. α. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων και Οικονομικών καθορίζονται οι αποδοχές των Προϊσταμένων Γενικών Διευθύνσεων του άρθρου 3, συμπεριλαμβανομένης ειδικής αμοιβής θέσης εργασίας πλέον του βασικού μισθού και των επιδομάτων τους, οι οποίες αποδοχές δεν υπάγονται στην παρ. 1 του άρθρου 28 του ν. 4354/2015 (Α΄ 176).
Με την ίδια απόφαση καθορίζεται αμοιβή απόδοσης, η οποία συνδέεται με συγκεκριμένη στοχοθεσία και υπολογίζεται επί των συνολικών αποδοχών του προηγούμενου εδαφίου. Σε κάθε περίπτωση, οι συνολικές αποδοχές δεν υπερβαίνουν το όριο της περ. α΄ της παρ. 3 του άρθρου 28 του ν. 4354/2015.
β. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων και Οικονομικών καθορίζονται οι αποδοχές των Προϊσταμένων των Διευθύνσεων του άρθρου 3, συμπεριλαμβανομένης ειδικής αμοιβής θέσης εργασίας πλέον του βασικού μισθού και των επιδομάτων τους, οι οποίες υπάγονται στο όριο της παρ. 1 του άρθρου 28 του ν. 4354/2015.
2. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων ορίζεται η μεθοδολογία για τη χορήγηση του ποσού της επιβράβευσης παραγωγικότητας του άρθρου 2, οι συντελεστές βαρύτητας, το ετήσιο όριο αυτού και κάθε άλλο ειδικό θέμα για την εφαρμογή του παρόντος.
3. Οι κάθε είδους αποδοχές του Διοικητή και των Υποδιοικητών, τακτικές ή πρόσθετες, καθορίζονται με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων και δεν μπορούν να υπερβαίνουν το όριο της περ. α΄ της παρ. 3 του άρθρου 28 του ν. 4354/2015, ούτε να υπολείπονται του ορίου της παρ. 1 του άρθρου 28 του ίδιου νόμου.
4. Με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου του e-Ε.Φ.Κ.Α., εγκρίνεται ο Κανονισμός Λειτουργίας της Μονάδας Εσωτερικών Ερευνών, στον οποίο ρυθμίζονται ειδικότερα θέματα λειτουργίας της Μονάδας, εξειδικεύονται οι αρμοδιότητές της, ορίζονται τα πρότυπα ερευνών και ελέγχων, οι διαδικασίες και οι μεθοδολογίες σχεδιασμού, διεξαγωγής και σύνταξης των πορισμάτων ελέγχου, καταρτίζεται σύστημα αξιολόγησης των καταγγελιών και αιτημάτων που λαμβάνονται στη βάση της αξιολόγησης κινδύνων και ορίζονται όλα τα λοιπά θέματα για τον τρόπο άσκησης των αρμοδιοτήτων της.