Στην Ι.Π.Ε. συνιστάται Συμβούλιο Εμπειρογνωμόνων (Σ.Ε.) που αποτελείται από πέντε (5) μέλη. Τα μέλη του Σ.Ε. ορίζονται με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου της Ι.Π.Ε., για θητεία τριών (3) ετών, που μπορεί να ανανεώνεται για ίσο χρονικό διάστημα, και είναι πρόσωπα εγνωσμένου διεθνούς κύρους που διακρίνονται για την επιστημονική τους κατάρτιση και την επαγγελματική τους εμπειρία στον τεχνικό, οικονομικό ή νομικό τομέα. Το Σ.Ε. έχει συμβουλευτικό ρόλο και υποβοηθά το έργο του Διοικητικού Συμβουλίου.