1. Το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) της Ι.Π.Ε. είναι επταμελές και ορίζεται με κοινή απόφαση των Υπουργών Τουρισμού και Οικονομικών για θητεία τριών (3) ετών, που δύναται να ανανεώνεται για ίσο χρονικό διάστημα, υπό τις προϋποθέσεις που θέτει το καταστατικό της.
2. Στο Διοικητικό Συμβούλιο ορίζονται πρόσωπα εγνωσμένου κύρους, επιστημονικής κατάρτισης και επαγγελματικής επάρκειας και αξιοπιστίας, με υψηλό επίπεδο τεχνογνωσίας ή μεγάλη εμπειρία στη διαχείριση, αναδιοργάνωση και αναδιάρθρωση επιχειρήσεων, ή σε δραστηριότητες του χρηματοπιστωτικού τομέα, ή σε δραστηριότητες του τουριστικού τομέα ή στην ανάπτυξη και διαχείριση ακίνητης περιουσίας. Στο Διοικητικό Συμβούλιο συμμετέχουν υποχρεωτικά ως μέλη ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου της Κεντρικής Ένωσης Δήμων Ελλάδος και ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου του Συνδέσμου Δήμων Ιαματικών Πηγών Ελλάδας.