1. Οι πιστώσεις για τη λειτουργία της Επιτροπής εγγράφονται υπό ίδιο φορέα στον προϋπολογισμό του Υπουργείου Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων. Τον προϋπολογισμό συντάσσει ο Πρόεδρος της Επιτροπής, ο οποίος είναι και ο διατάκτης των δαπανών της και τον κοινοποιεί στον Υπουργό Οικονομικών. Οι σχετικές δαπάνες εκκαθαρίζονται από την αρμόδια Υπηρεσία Δημοσιονομικού Ελέγχου του Υπουργείου Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων.
2. Πόροι της Επιτροπής αποτελούν και πάσης φύσεως επιδοτήσεις, επιχορηγήσεις, χρηματοδοτήσεις προγραμμάτων και κάθε άλλο έσοδο που προέρχεται από την Ευρωπαϊκή Ένωση και από διεθνείς οργανισμούς.
3. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων, η οποία εκδίδεται μετά από εισήγηση της Επιτροπής, μπορούν να καθορίζονται πρόσθετοι πόροι, πλέον του Κρατικού Προϋπολογισμού, υπέρ της Επιτροπής, καθώς και οι λεπτομέρειες για τη διαδικασία υπολογισμού, είσπραξης, διαχείρισης και απόδοσης αυτών.