(Άρθρο 46 της οδηγίας 2012/34/ΕΕ)
1. Κατά τη διαδικασία προγραμματισμού που αναφέρεται στο άρθρο 45, όταν ο διαχειριστής υποδομής αντιμετωπίζει αντικρουόμενα αιτήματα, προσπαθεί, μέσω συντονισμού των αιτημάτων, να εξασφαλίζει τον καλύτερο δυνατό συνδυασμό όλων των αιτημάτων.
2. Όταν προκύπτει περίπτωση όπου απαιτείται συντονισμός, τότε ο διαχειριστής υποδομής έχει το δικαίωμα, εντός εύλογων ορίων, να προτείνει χωρητικότητα υποδομής διαφορετική από εκείνη που έχει ζητηθεί.
3. Ο διαχειριστής υποδομής επιχειρεί, ζητώντας τη γνώμη των κατάλληλων αιτούντων, να επιλύσει τυχόν διαφορές. Η διαβούλευση αυτή βασίζεται στην κοινοποίηση των ακόλουθων πληροφοριών εντός εύλογου χρονικού διαστήματος, δωρεάν και εγγράφως ή ηλεκτρονικώς:
α) σιδηροδρομικές διαδρομές που έχουν ζητήσει όλοι οι άλλοι αιτούντες για τα ίδια δρομολόγια·
β) σιδηροδρομικές διαδρομές που έχουν κατανεμηθεί προκαταρκτικά σε όλους τους άλλους αιτούντες για τα ίδια δρομολόγια·
γ) εναλλακτικές σιδηροδρομικές διαδρομές που προτείνονται για τα σχετικά δρομολόγια σύμφωνα με την παράγραφο 2·
δ) πλήρη στοιχεία για τα κριτήρια που εφαρμόζονται κατά τη διαδικασία της κατανομής.
Σύμφωνα με το άρθρο 39 παράγραφος 2 οι πληροφορίες αυτές παρέχονται χωρίς να αποκαλύπτεται η ταυτότητα των άλλων αιτούντων, εκτός εάν οι αιτούντες έχουν συμφωνήσει αυτή την κοινοποίηση.
4. Οι αρχές που διέπουν τη διαδικασία συντονισμού καθορίζονται στη δήλωση δικτύου. Οι αρχές αυτές εκφράζουν, ιδίως, τη δυσκολία ρύθμισης διεθνών σιδηροδρομικών διαδρομών και την επίδραση που μπορεί να έχει η τροποποίησή τους σε άλλους διαχειριστές υποδομής.
5. Όταν αιτήματα χωρητικότητας υποδομής δεν είναι δυνατόν να ικανοποιηθούν χωρίς συντονισμό, ο διαχειριστής υποδομής επιχειρεί να ικανοποιήσει όλα τα αιτήματα μέσω συντονισμού.
6. Με την επιφύλαξη των υφιστάμενων διαδικασιών προσφυγής και του άρθρου 56, στις περιπτώσεις διαφορών όσον αφορά την κατανομή της χωρητικότητας υποδομής, πρέπει να υπάρχει σύστημα επίλυσης των διαφορών για την ταχεία επίλυση των διαφορών αυτών. Το εν λόγω σύστημα καθορίζεται στη δήλωση δικτύου. Εφόσον εφαρμόζεται τέτοιος μηχανισμός, η σχετική απόφαση πρέπει να λαμβάνεται εντός χρονικού ορίου δέκα εργάσιμων ημερών.