1. Όταν διαπιστωθεί ότι δομικό υποσύστημα, το οποίο καλύπτεται από δήλωση επαλήθευσης «ΕΚ» που συνοδεύεται από τον τεχνικό φάκελο, δεν πληροί εξ ολοκλήρου τις διατάξεις του παρόντος και, ιδίως, τις βασικές απαιτήσεις, το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών, ύστερα από εισήγηση της Ρυθμιστικής Αρχής Σιδηροδρόμων, μπορεί να ζητεί τη διενέργεια συμπληρωματικών ελέγχων.
2. Το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών που υπέβαλε το αίτημα, ενημερώνει αμέσως την Ευρωπαϊκή Επιτροπή σχετικά με τους συμπληρωματικούς ελέγχους που ζήτησε, αναφέροντας τους λόγους που τους δικαιολογούν.
3. Το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών που υπέβαλε το αίτημα, αναφέρει, ύστερα από εισήγηση της Ρυθμιστικής Αρχής Σιδηροδρόμων, αν η αδυναμία πλήρους συμμόρφωσης προς τον παρόντα νόμο οφείλεται:
α) Σε μη τήρηση των βασικών απαιτήσεων ή μιας ΤΠΔ ή σε ελλιπή εφαρμογή μιας ΤΠΔ. Στην περίπτωση αυτή, το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών ενημερώνεται από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή σχετικά με την παράτυπη έκδοση δήλωσης επαλήθευσης «ΕΚ» και λαμβάνει τα ενδεδειγμένα μέτρα.
β) Σε ανεπάρκεια μιας ΤΠΔ, οπότε ισχύει η διαδικασία τροποποίησης της ΤΠΔ, όπως αναφέρεται στο άρθρο 6.