1. Επιτρέπεται στον αιτούντα να μην εφαρμόζει μία ή περισσότερες ΤΠΔ ή μέρη αυτών στις εξής περιπτώσεις:
α) για προτεινόμενο νέο υποσύστημα ή μέρος αυτού, για την ανακαίνιση ή την αναβάθμιση υφιστάμενου υποσυστήματος ή μέρους αυτού ή για κάθε στοιχείο σύμφωνα με την παρ. 2 του άρθρου 1, το οποίο βρίσκεται σε προχωρημένο στάδιο εξέλιξης ή αποτελεί αντικείμενο εκτελούμενης σύμβασης κατά την ημερομηνία εφαρμογής της σχετικής ή των σχετικών ΤΠΔ,
β) όταν, έπειτα από ατύχημα ή φυσική καταστροφή, οι προϋποθέσεις ταχείας αποκατάστασης του δικτύου δεν επιτρέπουν οικονομικώς ή τεχνικώς τη μερική ή ολική εφαρμογή των αντίστοιχων ΤΠΔ, οπότε η μη εφαρμογή των ΤΠΔ περιορίζεται στην περίοδο πριν από την αποκατάσταση του δικτύου,
γ) για κάθε προτεινόμενη ανακαίνιση, επέκταση ή αναβάθμιση υφιστάμενου υποσυστήματος ή μέρους αυτού, όταν η εφαρμογή της σχετικής ή των σχετικών ΤΠΔ θέτει σε κίνδυνο την οικονομική βιωσιμότητα του έργου και/ή τη συμβατότητα του σιδηροδρομικού συστήματος στην Ελλάδα, ιδίως όσον αφορά το περιτύπωμα, το εύρος τροχιάς, το διάκενο μεταξύ των αξόνων των τροχιών ή την τάση της ηλεκτρικής τροφοδότησης. Στις περιπτώσεις αυτές, η μη εφαρμογή των ΤΠΔ είναι δυνατή ύστερα από εκτελεστική πράξη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.
δ) για οχήματα που φτάνουν από τρίτη χώρα ή με προορισμό τρίτη χώρα όπου το εύρος τροχιάς είναι διαφορετικό από εκείνο του κύριου σιδηροδρομικού δικτύου εντός της Ένωσης. Στις περιπτώσεις αυτές, η μη εφαρμογή των ΤΠΔ είναι δυνατή ύστερα από εκτελεστική πράξη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής,
ε) για προτεινόμενο νέο υποσύστημα ή για προτεινόμενη ανακαίνιση ή αναβάθμιση υφιστάμενου υποσυστήματος στο έδαφος της Ελλάδος, κατά το μέρος που το εθνικό σιδηροδρομικό δίκτυο είναι αποκομμένο ή απομονωμένο από τη θάλασσα ή αποκομμένο λόγω ιδιαίτερων γεωγραφικών συνθηκών από το σιδηροδρομικό δίκτυο της υπόλοιπης Ένωσης. Στην περίπτωση αυτή πρέπει να προηγηθεί έγκριση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.
2. Στην περ. α’ της παρ. 1, μέσα σε ένα (1) έτος από την έναρξη ισχύος κάθε ΤΠΔ, το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών κοινοποιεί στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή κατάλογο έργων τα οποία υλοποιούνται στην Ελλάδα και τα οποία βρίσκονται σε προχωρημένο στάδιο εξέλιξης.
3. Στις περ. α’ και β’ της παρ. 1, το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών, ύστερα από γνώμη της Ρυθμιστικής Αρχής Σιδηροδρόμων, κοινοποιεί στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή την απόφασή του να μην εφαρμόσει μία ή περισσότερες ΤΠΔ ή μέρη αυτών.
4. Για τις περ. α’, γ’, δ’ και ε’ της παρ. 1, το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών, ύστερα από γνώμη της Ρυθμιστικής Αρχής Σιδηροδρόμων, υποβάλλει στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή αίτηση μη εφαρμογής των ΤΠΔ ή μερών αυτών, συνοδευόμενη από φάκελο ο οποίος περιέχει την αιτιολόγηση της αίτησης, διευκρινίζοντας τις εναλλακτικές διατάξεις τις οποίες προτίθεται να εφαρμόσει αντί των ΤΠΔ.
Για τις περιπτώσεις του εδαφίου γ’ της παρ. 6 του άρθρου 21, ο αιτών υποβάλλει τον φάκελο στον Οργανισμό. Ο Οργανισμός συμβουλεύεται τη Ρυθμιστική Αρχή Σιδηροδρόμων και δίνει την τελική γνωμοδότησή του στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
5. Μέχρι την έκδοση της εκτελεστικής πράξης, εφαρμόζονται οι εναλλακτικές διατάξεις που αναφέρονται στην παρ. 4 του παρόντος άρθρου.
6. Το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών ενημερώνεται για τα αποτελέσματα των αναλύσεων της αίτησης και για το αποτέλεσμα της διαδικασίας της παρ. 4, από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή.