Αν, μετά την έκδοση μιας ΤΠΔ, διαπιστωθεί ότι είναι ελλιπής, η εν λόγω ΤΠΔ τροποποιείται με εκτελεστική πράξη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής. Στις ελλείψεις αυτές περιλαμβάνονται και οι περιπτώσεις που μπορεί να συνεπάγονται μη ασφαλείς λειτουργίες στην Ελλάδα. Για την εφαρμογή του προηγούμενου εδαφίου, το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών υποβάλλει σχετικό αίτημα στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή, ύστερα από γνώμη της Ρυθμιστικής Αρχής Σιδηροδρόμων.